IGetDBWiki/ToDoHistory - Revision history

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2011-10-26T06:17:30Z

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imported>KaiRunte at 09:31, 22 January 2007

2007-01-22T09:31:31Z

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imported>KaiRunte at 17:12, 3 January 2007

2007-01-03T17:12:24Z

← Older revision		Revision as of 19:12, 3 January 2007
Line 4:		Line 4:
	=== GUI ===		=== GUI ===
	* das Attribute linkOutURL muss unterstützt werden.		* das Attribute linkOutURL muss unterstützt werden.
	* the select dialog for EC-numbers (and maybe also others?) is including for some reason the empty string "" into its list of attributes, but does not show it in the dialog. Seems to happen only after clicking "select all". There seems to be an empty string in the TableModel object that is not displayed in the dialog, hence cannot be selected. However, when the user clicks on "select all", all rows in the TableModel object are selected, including the empty one. Now I have to see how I can get rid of this annoying behaviour (the hiding of the empty string, that is).		* the select dialog for EC-numbers (and maybe also others?) is including for some reason the empty string "" into its list of attributes, but does not show it in the dialog. Seems to happen only after clicking "select all". There seems to be an empty string in the TableModel object that is not displayed in the dialog, hence cannot be selected. However, when the user clicks on "select all", all rows in the TableModel object are selected, including the empty one. Now I have to see how I can get rid of this annoying behaviour (the hiding of the empty string, that is). [In fact, the empty string is display, however, the cell has a height of zero :-( ]

	=== Engine ===		=== Engine ===

imported>KaiRunte at 16:54, 3 January 2007

2007-01-03T16:54:35Z

← Older revision		Revision as of 18:54, 3 January 2007
Line 4:		Line 4:
	=== GUI ===		=== GUI ===
	* das Attribute linkOutURL muss unterstützt werden.		* das Attribute linkOutURL muss unterstützt werden.
	* the select dialog for EC-numbers (and maybe also others?) is including for some reason the empty string "" into its list of attributes, but does not show it in the dialog. Seems to happen only after clicking "select all".		* the select dialog for EC-numbers (and maybe also others?) is including for some reason the empty string "" into its list of attributes, but does not show it in the dialog. Seems to happen only after clicking "select all". There seems to be an empty string in the TableModel object that is not displayed in the dialog, hence cannot be selected. However, when the user clicks on "select all", all rows in the TableModel object are selected, including the empty one. Now I have to see how I can get rid of this annoying behaviour (the hiding of the empty string, that is).

	=== Engine ===		=== Engine ===

imported>KaiRunte at 16:30, 3 January 2007

2007-01-03T16:30:25Z

← Older revision		Revision as of 18:30, 3 January 2007
Line 1:		Line 1:
	__NOTOC__		__NOTOC__
			== 03/01/2007 ==

			=== GUI ===
			* das Attribute linkOutURL muss unterstützt werden.
			* the select dialog for EC-numbers (and maybe also others?) is including for some reason the empty string "" into its list of attributes, but does not show it in the dialog. Seems to happen only after clicking "select all".

			=== Engine ===
			* noch einmal die beiden Klassen Engine und AttributeQueryRunner überarbeiten. Ich weiss nicht so recht, ob es unbedingt zwei Klassen sein müssen.
			* bei den Implementationen der ResultSetWriter muss ich noch einmal die Implementation der Funktionen flush() und close() überarbeiten, vor allem bei dem Excel-Writer ist das nicht sauber gelöst.
			* Es gibt ein Problem mit Joins: wenn z.B. eine EC-Nummer NULL ist, nicht gefilter, aber für den Export selektiert ist, wird diese Tabellenzeile exportiert. Damit das gleiche der Fall für GO-Nummer ist, muss ich tausende von NULL-Zeilen in der GO-Tabelle haben, ansonsten verschwindet diese Zeile. Es gibt ja verschiedene Join-Typen (INNER, OUTER-LEFT, etc.), jetzt gilt herauszufinden welcher Join-Typ der gewünschte ist.
			* Vielleicht ist die BioMart-Engine doch nicht die beste Wahl. Schau Dir noch einmal BioWarehouse und Atlas an (beide haben eine Java-API).

			=== Importers ===
			* BRIDGE-links are not sufficient as EMMA doesn't have an BRIDGE-links to SAMS with the effect that all EMMA data is imported but not accessible.
			* it might improve things if the EMMA table is also a main table. Then the data could at least be retrieved if it is not links to GenDB/SAMS data. Klappt nicht, die EMMA Tabelle müsste alle Spalten der GenDB übernehmen. Frag Alu mal, wo ich das Skript finde, mit dem ich EMMA mit GenDB/SAMS verlinken kann. Das Skript liegt in /bioinfo/BRIDGE/share/exec/link_emma2_gendb.pl (Dann muss man noch sicher gehen, dass EMMA auch versteht, dass u.U. die Bridge-Links nach SAMS zeigen)
			* der GenDB-Importer (wahrscheinlich auch der SAMS-Importer) erzeugen haufenweise NULL-Zeilen in der GO-Tabelle. Das muss eigentlich nicht sein. In der Haupttabelle sind manche EC-Werte NULL, manche ein leerer String, muss auch nicht sein.
			* der GenDB-Importer erzeugt unsinnige EC-Nummern (z.B. 4.1.3.64.1.3.34). Diese stehen bereits in der Datenbank (die meisten werden anscheinend vom EMBL-Importer erzeugt). Wahrscheinlich brauche ich einen Workaround in den Importern (GenDB und SAMS).
			* die GO-IDs werden in GenDB als Nummern gehandhabt. Dadurch fehlen die voranstehenden Nullen (z.B. "6118" anstatt von "0006118"). Dies wird zu Problemen führen, z.B. bei der linkoutURL: http://godatabase.org/cgi-bin/amigo/go.cgi?view=details&query=GO:0006118 führt zur korrekten Seite, http://godatabase.org/cgi-bin/amigo/go.cgi?view=details&query=GO:6118 dagegen nur zu einen leeren Seite.

	== 20/12/2006 ==		== 20/12/2006 ==

imported>KaiRunte at 16:07, 3 January 2007

2007-01-03T16:07:34Z

← Older revision		Revision as of 18:07, 3 January 2007
Line 4:		Line 4:
	=== GUI ===		=== GUI ===
	* das Attribute linkOutURL muss unterstützt werden.		* das Attribute linkOutURL muss unterstützt werden.
			* the select dialog for EC-numbers (and maybe also others?) is including for some reason the empty string "" into its list of attributes, but does not show it in the dialog.

	=== Engine ===		=== Engine ===

imported>KaiRunte at 16:05, 3 January 2007

2007-01-03T16:05:05Z

← Older revision		Revision as of 18:05, 3 January 2007
Line 1:		Line 1:
	__NOTOC__		__NOTOC__
			== 20/12/2006 ==

			=== GUI ===
			* das Attribute linkOutURL muss unterstützt werden.

			=== Engine ===
			* noch einmal die beiden Klassen Engine und AttributeQueryRunner überarbeiten. Ich weiss nicht so recht, ob es unbedingt zwei Klassen sein müssen.
			* bei den Implementationen der ResultSetWriter muss ich noch einmal die Implementation der Funktionen flush() und close() überarbeiten, vor allem bei dem Excel-Writer ist das nicht sauber gelöst.
			* the HTML writer is throwing a NullPointerException when exporting:

			<pre><nowiki>
			java.lang.NullPointerException
			at igetdb.sql.writer.HtmlFileWriter.flush(HtmlFileWriter.java:94)
			at igetdb.sql.AttributeQueryRunner.processResultSetMysql(AttributeQueryRunner.java:486)
			at igetdb.sql.AttributeQueryRunner.executeQueryPostgresMysql(AttributeQueryRunner.java:395)
			at igetdb.sql.AttributeQueryRunner.executeQuery(AttributeQueryRunner.java:224)
			at igetdb.sql.AttributeQueryRunner.execute(AttributeQueryRunner.java:201)
			...
			</nowiki></pre>


			* Es gibt ein Problem mit Joins: wenn z.B. eine EC-Nummer NULL ist, nicht gefilter, aber für den Export selektiert ist, wird diese Tabellenzeile exportiert. Damit das gleiche der Fall für GO-Nummer ist, muss ich tausende von NULL-Zeilen in der GO-Tabelle haben, ansonsten verschwindet diese Zeile. Es gibt ja verschiedene Join-Typen (INNER, OUTER-LEFT, etc.), jetzt gilt herauszufinden welcher Join-Typ der gewünschte ist.
			* Vielleicht ist die BioMart-Engine doch nicht die beste Wahl. Schau Dir noch einmal BioWarehouse und Atlas an (beide haben eine Java-API).

			=== Importers ===
			* BRIDGE-links are not sufficient as EMMA doesn't have an BRIDGE-links to SAMS with the effect that all EMMA data is imported but not accessible.
			* it might improve things if the EMMA table is also a main table. Then the data could at least be retrieved if it is not links to GenDB/SAMS data. Klappt nicht, die EMMA Tabelle müsste alle Spalten der GenDB übernehmen. Frag Alu mal, wo ich das Skript finde, mit dem ich EMMA mit GenDB/SAMS verlinken kann. Das Skript liegt in /bioinfo/BRIDGE/share/exec/link_emma2_gendb.pl (Dann muss man noch sicher gehen, dass EMMA auch versteht, dass u.U. die Bridge-Links nach SAMS zeigen)
			* der GenDB-Importer (wahrscheinlich auch der SAMS-Importer) erzeugen haufenweise NULL-Zeilen in der GO-Tabelle. Das muss eigentlich nicht sein. In der Haupttabelle sind manche EC-Werte NULL, manche ein leerer String, muss auch nicht sein.
			* der GenDB-Importer erzeugt unsinnige EC-Nummern (z.B. 4.1.3.64.1.3.34). Diese stehen bereits in der Datenbank (die meisten werden anscheinend vom EMBL-Importer erzeugt). Wahrscheinlich brauche ich einen Workaround in den Importern (GenDB und SAMS).
			* die GO-IDs werden in GenDB als Nummern gehandhabt. Dadurch fehlen die voranstehenden Nullen (z.B. "6118" anstatt von "0006118"). Dies wird zu Problemen führen, z.B. bei der linkoutURL: http://godatabase.org/cgi-bin/amigo/go.cgi?view=details&query=GO:0006118 führt zur korrekten Seite, http://godatabase.org/cgi-bin/amigo/go.cgi?view=details&query=GO:6118 dagegen nur zu einen leeren Seite.

	== 30/11/2006 ==		== 30/11/2006 ==

imported>KaiRunte at 14:13, 30 November 2006

2006-11-30T14:13:16Z

← Older revision		Revision as of 16:13, 30 November 2006
Line 17:		Line 17:
	* der GenDB-Importer (wahrscheinlich auch der SAMS-Importer) erzeugen haufenweise NULL-Zeilen in der GO-Tabelle. Das muss eigentlich nicht sein. In der Haupttabelle sind manche EC-Werte NULL, manche ein leerer String, muss auch nicht sein.		* der GenDB-Importer (wahrscheinlich auch der SAMS-Importer) erzeugen haufenweise NULL-Zeilen in der GO-Tabelle. Das muss eigentlich nicht sein. In der Haupttabelle sind manche EC-Werte NULL, manche ein leerer String, muss auch nicht sein.
	* der GenDB-Importer erzeugt unsinnige EC-Nummern (z.B. 4.1.3.64.1.3.34). Diese stehen bereits in der Datenbank (die meisten werden anscheinend vom EMBL-Importer erzeugt). Wahrscheinlich brauche ich einen Workaround in den Importern (GenDB und SAMS).		* der GenDB-Importer erzeugt unsinnige EC-Nummern (z.B. 4.1.3.64.1.3.34). Diese stehen bereits in der Datenbank (die meisten werden anscheinend vom EMBL-Importer erzeugt). Wahrscheinlich brauche ich einen Workaround in den Importern (GenDB und SAMS).
	* die GO-IDs werden in ~~Perl~~ als Nummern gehandhabt. Dadurch ~~verlieren sie beim Import~~ die Nullen (z.B. "6118" anstatt von "0006118"). Dies wird zu Problemen führen, z.B. bei der linkoutURL: http://godatabase.org/cgi-bin/amigo/go.cgi?view=details&query=GO:0006118 führt zur korrekten Seite, http://godatabase.org/cgi-bin/amigo/go.cgi?view=details&query=GO:6118 dagegen nur zu einen leeren Seite.		* die GO-IDs werden in GenDB als Nummern gehandhabt. Dadurch fehlen die voranstehenden Nullen (z.B. "6118" anstatt von "0006118"). Dies wird zu Problemen führen, z.B. bei der linkoutURL: http://godatabase.org/cgi-bin/amigo/go.cgi?view=details&query=GO:0006118 führt zur korrekten Seite, http://godatabase.org/cgi-bin/amigo/go.cgi?view=details&query=GO:6118 dagegen nur zu einen leeren Seite.

	== 29/11/2006 ==		== 29/11/2006 ==

imported>KaiRunte at 14:11, 30 November 2006

2006-11-30T14:11:05Z

← Older revision		Revision as of 16:11, 30 November 2006
Line 1:		Line 1:
	__NOTOC__		__NOTOC__
	== 29/11/2006 ==		== 30/11/2006 ==

	=== GUI ===		=== GUI ===

imported>KaiRunte at 14:10, 30 November 2006

2006-11-30T14:10:40Z

← Older revision		Revision as of 16:10, 30 November 2006
Line 1:		Line 1:
	__NOTOC__		__NOTOC__
			== 29/11/2006 ==

			=== GUI ===
			* das Attribute linkOutURL muss unterstützt werden.
			* in den "Select..."-Fenstern gibt es einen Bug: wird nach der Auswahl von Werten (z.B. EC-Nummern) das Fenster erneut geöffnet, sind alle nichtselektierten Werte verschwunden, man kann also nicht "nach-wählen".

			=== Engine ===
			* noch einmal die beiden Klassen Engine und AttributeQueryRunner überarbeiten. Ich weiss nicht so recht, ob es unbedingt zwei Klassen sein müssen.
			* bei den Implementationen der ResultSetWriter muss ich noch einmal die Implementation der Funktionen flush() und close() überarbeiten, vor allem bei dem Excel-Writer ist das nicht sauber gelöst.
			* Es gibt ein Problem mit Joins: wenn z.B. eine EC-Nummer NULL ist, nicht gefilter, aber für den Export selektiert ist, wird diese Tabellenzeile exportiert. Damit das gleiche der Fall für GO-Nummer ist, muss ich tausende von NULL-Zeilen in der GO-Tabelle haben, ansonsten verschwindet diese Zeile. Es gibt ja verschiedene Join-Typen (INNER, OUTER-LEFT, etc.), jetzt gilt herauszufinden welcher Join-Typ der gewünschte ist.
			* Vielleicht ist die BioMart-Engine doch nicht die beste Wahl. Schau Dir noch einmal BioWarehouse und Atlas an (beide haben eine Java-API).

			=== Importers ===
			* BRIDGE-links are not sufficient as EMMA doesn't have an BRIDGE-links to SAMS with the effect that all EMMA data is imported but not accessible.
			* it might improve things if the EMMA table is also a main table. Then the data could at least be retrieved if it is not links to GenDB/SAMS data. Klappt nicht, die EMMA Tabelle müsste alle Spalten der GenDB übernehmen. Frag Alu mal, wo ich das Skript finde, mit dem ich EMMA mit GenDB/SAMS verlinken kann. Das Skript liegt in /bioinfo/BRIDGE/share/exec/link_emma2_gendb.pl (Dann muss man noch sicher gehen, dass EMMA auch versteht, dass u.U. die Bridge-Links nach SAMS zeigen)
			* der GenDB-Importer (wahrscheinlich auch der SAMS-Importer) erzeugen haufenweise NULL-Zeilen in der GO-Tabelle. Das muss eigentlich nicht sein. In der Haupttabelle sind manche EC-Werte NULL, manche ein leerer String, muss auch nicht sein.
			* der GenDB-Importer erzeugt unsinnige EC-Nummern (z.B. 4.1.3.64.1.3.34). Diese stehen bereits in der Datenbank (die meisten werden anscheinend vom EMBL-Importer erzeugt). Wahrscheinlich brauche ich einen Workaround in den Importern (GenDB und SAMS).
			* die GO-IDs werden in Perl als Nummern gehandhabt. Dadurch verlieren sie beim Import die Nullen (z.B. "6118" anstatt von "0006118"). Dies wird zu Problemen führen, z.B. bei der linkoutURL: http://godatabase.org/cgi-bin/amigo/go.cgi?view=details&query=GO:0006118 führt zur korrekten Seite, http://godatabase.org/cgi-bin/amigo/go.cgi?view=details&query=GO:6118 dagegen nur zu einen leeren Seite.

	== 29/11/2006 ==		== 29/11/2006 ==