EMMAWiki/FuturePlans: Difference between revisions

From BRF-Software
Jump to navigation Jump to search
No edit summary
 
m (17 revisions)
 
(16 intermediate revisions by 2 users not shown)
Line 2: Line 2:
I just wanted to sketch some things that should be done in the near future (in german only {de} )
I just wanted to sketch some things that should be done in the near future (in german only {de} )


== [[ToDo]] Features ==
== [[ToDo]] Features (for 2.4) ==
 
* Debug new cluster viewer
* K-means und Neural gas
* Detailed channel information for arrays
* MAGE exporter
* Ontology
* Allow role User to upload array designs
 
{| border="1" cellpadding="2" cellspacing="0"
|colspan="2" |'''Bereich'''
| '''Feature'''
| '''Entwickler'''
| '''Prioritaet'''
| '''geschaetzter Aufwand (*10 WS)'''
| '''Entwicklungsstand (%)'''
|-
|  1.
|  Array View
|  Search for Reporters in Overlay
|  Felix
|  {2}
| 2
| 70
|-
|  2.
| Analysis
| Funktion zum auswaehlen von Annotations Features in Pipeline
|  ???
|  {3}
|  2
| 
|-
|  3.
| Analysis
|  Integrate  Cyber-T
|  MD, Dominik?
|  {3}
|  3
|  0
|-
|  4.
| Analysis
|  ANOVA Tool (one-way, two way?)
|  MD, Thasso
|  {3}
|  3
|  10
|-
|  5.
| Backend
|  Put MAGE-Imp.Exp.from script to the webinterface
|  MD, Kai
|  {3}
|  3
|  50
|-
|  6.
| Analysis
|  Create Van-diagrams
| 
|  :(
|  1
| 0
|-
|  7.
| Experiment
| Experiment design templates
| 
|  :(
|  2
|  0
|-
|  8.
| Cluster Viewer
|  Export the cluster overview charts as image (on the left)
| 
|  :(
| 0.5
| 90
|-
|  9.
| BRIDGE
| MT-SAMS/EMMA integration
|  All
|  {1}
|  2
|  95
|-
|  11.
| [[ArrayDesign]]
| Update & delete of [[ArrayDesing]] in Web
| 
|  {3}
|  5
|  0
|-
|  12.
| Analysis
| Pipeline update,enable different [[DesignElementDimensions]] for each [[DataSet]]
| 
|  {3}
|  4
|  0
|-
|  13.
|  Interface gimmicks
|  Make lasso select in plots and use selection for further analysis
| 
|  :(
| 
| 
|-
|  14.
|  Data Browser
| Save user filtered datasets
|  Felix
|  {3}
| 
| 
|-
|  15.
|  Integration
|  Add Web-services layer for queries
| 
|  {1}
| 
|  80
|-
|  Allways
| Doku
|  Wiki doku vervollstaendigen
|  Alle
|  {2}
| 
|  85
|}
 
----------
 
== Old [[ToDos]] ==
 
-- [[MichaelDondrup]] [[DateTime(2006-02-23T17:31:29Z)]]
 
{| border="1" cellpadding="2" cellspacing="0"
|  1.
| Analysis
| Normalization on Controls
| MD, Thasso
|  {1}
|  4
|  100
|-
|  2.
| Backend
| integrate [[ImageMagick]]
| Felix
|  {1}
| 2
|  100
|-
|  3.
|  Array View
|  More options for online generation of Overlay image (Brightness, Gamma)
|  Felix
|  {2}
| 2
| 100
|}
 
{| border="1" cellpadding="2" cellspacing="0"
|  1.
| Backend
| Update [[ArrayLayouts]]
|  Alu, MD
|  {1}
|  4
|  100
|-
|  2.
|  [[ClusterViewer]]
|  Export
|  Thasso
|  {1}
| 
| 100
|-
|  3.
|  [[ClusterViewer]]
|  Graph plots
|  Thasso
|  {2}
| 
| 100
|-
|  4.
|  [[ClusterViewer]]
|  View partition clusters
|  Thasso
|  {2}
| 
| 100
|-
|  5.
|  BRIDGE
|  KEGG Pathway viewer
|  Alu
|  {1}
| 
| 100
|-
|  7.
| Doku
|  ADF header doku anpassen
|  MD
|  {2}
| 
|  100
|}
 
{| border="1" cellpadding="2" cellspacing="0"
|colspan="2" |'''Bereich'''
| '''Feature'''
| '''Entwickler'''
| '''Prioritaet'''
| '''geschaetzter Aufwand (*10 WS)'''
| '''Entwicklungsstand (%)'''
|-
|  1.
| BRIDGE
| Integration mit gendb smeliloti machen
|  Alu
|  {1}
|  2
|  100
|-
|  3.
| Experiment
|  Ein array sollte mehreren Faktor-Values zuzuordnen sein
|  Felix
|  {1}
|  2
|  100
|-
|  4.
| Experiment
|  Ein Experiment creation wizard
|  Felix, Thasso
|  {2}
|  2
|  100
|-
|  5.
| Visualization
|  Java-heatmap applet
|  Thasso
|  {1}
|  2
|  100
|}
 
==== Bridge Integration ====
Hierzu gibt es ein script: CVS1/bioinfo/BRIDGE/share/exec/link_emma2_gendb.pl es ist im CVS
* man braucht einen zugang zu einem Gendb smeliloti project
 
Ein Widget zur auswahl von annotationseigenschaften sollte dem Benutzer die moeglichkeit geben,
Annotations eigenschaften wie EC nummern, COG kategorien position im genom etc. auszuwaehlen die der analysefunktion als zusatzinfos mitgegeben werden.
* Koennnte zum beispiel einfach auf farben in plots gemapt werden.
 
==== Experiment ====
Das anlegen eines experiments mit faktoren und values ist noch zu kompliziert. Es sollte einen wizzard zum anlegen geben.
Die seite wie sie jetzt ist kann man fuer erfahrene Benutzer und zum editieren belassen.
 
=== Basisfunktionalitaet ===
=== Basisfunktionalitaet ===
{| border="1" cellpadding="2" cellspacing="0"
{| border="1" cellpadding="2" cellspacing="0"
Line 19: Line 291:
|  {1}  
|  {1}  
| '''5'''
| '''5'''
| '''0'''
| '''100'''
|-
|-
|  2.  
|  2.  
Line 27: Line 299:
|  {1}  
|  {1}  
| '''2'''
| '''2'''
| 80
| 100
|-
|-
|  3.  
|  3.  
Line 35: Line 307:
|  {2}  
|  {2}  
| '''2'''
| '''2'''
| 80
| 100
| 1
| 1
|-
|-
Line 44: Line 316:
|  {1}  
|  {1}  
| '''2'''
| '''2'''
| 60
| 100
|-
|-
|  5.  
|  5.  
Line 52: Line 324:
|  {1}  
|  {1}  
| '''2'''
| '''2'''
| 50
| 100
| 4,6
| 4,6
|-
|-
Line 61: Line 333:
|  {1}  
|  {1}  
| '''1'''
| '''1'''
| 80
| 100
|-
|-
|  7.  
|  7.  
Line 69: Line 341:
|  {3}  
|  {3}  
| '''2'''
| '''2'''
| 60
| 100
|-
|-
|  8.  
|  8.  
Line 77: Line 349:
|  {3}  
|  {3}  
| '''2'''
| '''2'''
| 60
| 100
| 6
| 6
|-
|-
Line 86: Line 358:
|  {3}  
|  {3}  
|  '''6'''  
|  '''6'''  
| 0
| 100
|-
|-
|  10.  
|  10.  
Line 94: Line 366:
|  {1}  
|  {1}  
| '''3'''
| '''3'''
| 60
| 100
|-
|-
|  11.  
|  11.  
Line 102: Line 374:
|  {3}  
|  {3}  
| '''2'''
| '''2'''
| 0
| 50
|}
|}


== Short Term  ==
== Short Term  ==
{| border="1" cellpadding="2" cellspacing="0"
|colspan="2" |'''Options page'''
| <-2>
|-
| Einfuegen weiterer Optionen: Standard Quantitation-Types
|colspan="2" <#FF0000>|Alu
|  {1}
|-
|colspan="2" |'''Array View'''
| <-2>
|-
| Verwenden diese Types und Nachfrage falls sie fehlen
|colspan="2" <#00FF00>|Felix
|  {1}
|-
|colspan="2" |'''Experiment'''
| <-2>
|-
| Anlegen eines neuen Experiments ermoeglichen und bilder linken
|colspan="2" <#00FF00>|Felix
|  {2} 
|-
|colspan="2" |'''Plots'''
| <-2>
|-
| Plots mit template Tool fertigstellen
|<#0099FF>|Thasso
|<#FF0000>|Alu
|  {1}
|-
|colspan="2" |'''Daten ansicht'''
| <-2>
|-
| Daten aus mehreren Experimenten anzeigen
|colspan="2" <#FDFD00>|Sebastian
|  {1}
|-
| Daten als CSV-Datei exportieren
|colspan="2" <#FDFD00>|Sebastian
|  {2}
|-
|colspan="2" |'''Pipeline'''
| <-2>
|-
| Tool configuration Tool auf arrays erweitern
|colspan="2" <#FF0000>|Alu
|  {2}
|-
| Mapping von Quantitation types auf die defaults der ersten Funktion
|<#FF0000>|Alu
|<#0099FF>|Thasso
|  {3}

Latest revision as of 07:17, 26 October 2011

I just wanted to sketch some things that should be done in the near future (in german only {de} )

ToDo Features (for 2.4)

  • Debug new cluster viewer
  • K-means und Neural gas
  • Detailed channel information for arrays
  • MAGE exporter
  • Ontology
  • Allow role User to upload array designs
Bereich Feature Entwickler Prioritaet geschaetzter Aufwand (*10 WS) Entwicklungsstand (%)
1. Array View Search for Reporters in Overlay Felix {2} 2 70
2. Analysis Funktion zum auswaehlen von Annotations Features in Pipeline ??? {3} 2
3. Analysis Integrate Cyber-T MD, Dominik? {3} 3 0
4. Analysis ANOVA Tool (one-way, two way?) MD, Thasso {3} 3 10
5. Backend Put MAGE-Imp.Exp.from script to the webinterface MD, Kai {3} 3 50
6. Analysis Create Van-diagrams :( 1 0
7. Experiment Experiment design templates :( 2 0
8. Cluster Viewer Export the cluster overview charts as image (on the left) :( 0.5 90
9. BRIDGE MT-SAMS/EMMA integration All {1} 2 95
11. ArrayDesign Update & delete of ArrayDesing in Web {3} 5 0
12. Analysis Pipeline update,enable different DesignElementDimensions for each DataSet {3} 4 0
13. Interface gimmicks Make lasso select in plots and use selection for further analysis :(
14. Data Browser Save user filtered datasets Felix {3}
15. Integration Add Web-services layer for queries {1} 80
Allways Doku Wiki doku vervollstaendigen Alle {2} 85

Old ToDos

-- MichaelDondrup DateTime(2006-02-23T17:31:29Z)

1. Analysis Normalization on Controls MD, Thasso {1} 4 100
2. Backend integrate ImageMagick Felix {1} 2 100
3. Array View More options for online generation of Overlay image (Brightness, Gamma) Felix {2} 2 100
1. Backend Update ArrayLayouts Alu, MD {1} 4 100
2. ClusterViewer Export Thasso {1} 100
3. ClusterViewer Graph plots Thasso {2} 100
4. ClusterViewer View partition clusters Thasso {2} 100
5. BRIDGE KEGG Pathway viewer Alu {1} 100
7. Doku ADF header doku anpassen MD {2} 100
Bereich Feature Entwickler Prioritaet geschaetzter Aufwand (*10 WS) Entwicklungsstand (%)
1. BRIDGE Integration mit gendb smeliloti machen Alu {1} 2 100
3. Experiment Ein array sollte mehreren Faktor-Values zuzuordnen sein Felix {1} 2 100
4. Experiment Ein Experiment creation wizard Felix, Thasso {2} 2 100
5. Visualization Java-heatmap applet Thasso {1} 2 100

Bridge Integration

Hierzu gibt es ein script: CVS1/bioinfo/BRIDGE/share/exec/link_emma2_gendb.pl es ist im CVS

  • man braucht einen zugang zu einem Gendb smeliloti project

Ein Widget zur auswahl von annotationseigenschaften sollte dem Benutzer die moeglichkeit geben, Annotations eigenschaften wie EC nummern, COG kategorien position im genom etc. auszuwaehlen die der analysefunktion als zusatzinfos mitgegeben werden.

  • Koennnte zum beispiel einfach auf farben in plots gemapt werden.

Experiment

Das anlegen eines experiments mit faktoren und values ist noch zu kompliziert. Es sollte einen wizzard zum anlegen geben. Die seite wie sie jetzt ist kann man fuer erfahrene Benutzer und zum editieren belassen.

Basisfunktionalitaet

Bereich Feature Entwickler Prioritaet geschaetzter Aufwand (*10 WS) Entwicklungsstand (%) Abhaengigkeit (Punkt)
1. Datenimport Lims2EMMA2 import Imagene Tim {1} 5 100
2. Experiment Anlegen, Editieren Felix {1} 2 100
3. Arrays Ansicht der Bilder Felix {2} 2 100 1
4. Plots xy-scatterplots Thasso, MD {1} 2 100
5. Plots MA-plots Thasso, MD {1} 2 100 4,6
6. Pipeline Normalisieren Alu, MD {1} 1 100
7. Pipeline Normalisierungs vorschau Alu, MD {3} 2 100
8. Pipeline Signifikanztest MD {3} 2 100 6
9. Zugriffskontrolle Rollen und Rechte TEAM, Lutz {3} 6 100
10. Datenansicht Tabellensicht, beliebige Messdaten mit Sortieren und Export Sebastian {1} 3 100
11. Repository Suchen und Sortieren nach Experimenten, Arrays etc. - {3} 2 50

Short Term

Retrieved from "https://wiki.cebitec.uni-bielefeld.de/brf-software/index.php?title=EMMAWiki/FuturePlans&oldid=2412"