IGetDBWiki/ToDoHistory: Difference between revisions

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 __NOTOC__
-== 28/11/2006 ==
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-GUI:
--das Attribute linkOutURL muss unterstützt werden.
-Engine:
--noch einmal die beiden Klassen Engine und [[AttributeQueryRunner]]
-überarbeiten. Ich weiss nicht so recht, ob es unbedingt zwei Klassen
-sein müssen.
--bei den Implementationen der [[ResultSetWriter]] muss ich noch einmal die
-Implementation der Funktionen flush() und close() überarbeiten, vor
-allem bei dem Excel-Writer ist das nicht sauber gelöst.
--Es gibt ein Problem mit Joins: wenn z.B. eine EC-Nummer NULL ist, nicht gefilter, aber für den Export selektiert ist, wird diese Tabellenzeile exportiert. Damit das gleiche der Fall für GO-Nummer ist, muss ich tausende von NULL-Zeilen in der GO-Tabelle haben, ansonsten verschwindet diese Zeile. Es gibt ja verschiedene Join-Typen (INNER, OUTER-LEFT, etc.), jetzt gilt herauszufinden welcher Join-Typ der gewünschte ist.
--Vielleicht ist die [[BioMart]]-Engine doch nicht die beste Wahl. Schau Dir noch einmal [[BioWarehouse]] und Atlas an (beide haben eine Java-API).
-Importers:
--BRIDGE-links are not sufficient as EMMA doesn't have an BRIDGE-links to
-SAMS with the effect that all EMMA data is imported but not accessible.
--it might improve things if the EMMA table is also a main table. Then
-the data could at least be retrieved if it is not links to GenDB/SAMS
-data. Klappt nicht, die EMMA Tabelle müsste alle Spalten der GenDB
-übernehmen. Frag Alu mal, wo ich das Skript finde, mit dem ich EMMA mit
-GenDB/SAMS verlinken kann. Das Skript liegt in
-bioinfo/BRIDGE/share/exec/link_emma2_gendb.pl
-Dann muss man noch sicher gehen, dass EMMA auch versteht, dass u.U. die
-Bridge-Links nach SAMS zeigen.
--der GenDB-Importer (wahrscheinlich auch der SAMS-Importer) erzeugen
-haufenweise NULL-Zeilen in der GO-Tabelle. Das muss eigentlich nicht
-sein. In der Haupttabelle sind manche EC-Werte NULL, manche ein leerer
-String, muss auch nicht sein.
-== 23/11/2006 ==
-GUI:
--man sollte, wie beim [[MartExplorer]], eine Voransicht der Anzahl der
-Ergebnisse bekommen. Wie sogar die gleiche Aufteilung: erst Filtern, dann
-die Auswahl der Rückgabewerte.
--das Attribute linkOutURL muss unterstützt werden.
-Engine:
--noch einmal die beiden Klassen Engine und [[AttributeQueryRunner]]
-überarbeiten. Ich weiss nicht so recht, ob es unbedingt zwei Klassen sein
-müssen.
-Importers:
--BRIDGE-links are not sufficient as EMMA doesn't have an BRIDGE-links to
-SAMS with the effect that all EMMA data is imported but not accessible.
--it might improve things if the EMMA table is also a main table. Then the
-data could at least be retrieved if it is not links to GenDB/SAMS  data.
-Klappt nicht, die EMMA Tabelle müsste alle Spalten der GenDB  übernehmen.
-Frag Alu mal, wo ich das Skript finde, mit dem ich EMMA mit GenDB/SAMS
-verlinken kann. Das Skript liegt in
-bioinfo/BRIDGE/share/exec/link_emma2_gendb.pl
-Dann muss man noch sicher gehen, dass EMMA auch versteht, dass u.U. die
-Bridge-Links nach SAMS zeigen.
-== 20/11/2006 ==
-GUI:
--man sollte, wie beim [[MartExplorer]], eine Voransicht der Anzahl der
-Ergebnisse bekommen. Wie sogar die gleiche Aufteilung: erst Filtern,
-dann die Auswahl der Rückgabewerte.
--das Attribute linkOutURL muss unterstützt werden.
-Engine:
--die Begrenzung auf 1000 Ergebnisse muss verschwinden (auch für die
-Auswahllisten)
--noch einmal die beiden Klassen Engine und [[AttributeQueryRunner]]
-überarbeiten. Ich weiss nicht so recht, ob es unbedingt zwei Klassen
-sein müssen. Außerdem ist die Rückgabe zu unflexibel. Entgebe ich gleich
-ein Resultset zurück oder aber schreibe ein Writer-Interface, welches
-beliebing implementiert werden kann ([[DefaultTableModelWriter]],
-CSV/TSVWriter, [[ExcelWriter]], [[DetailPaneWriter]], [[SelectionListWriter]],
-[[DistinctListWriter]], ...)
--die [[DistinctQuery]] muss noch eingebaut werden, der [[QueryCompiler]] von
-MartJ unterstützt es nicht.
-Importers:
--BRIDGE-links are not sufficient as EMMA doesn't have an BRIDGE-links to
-SAMS with the effect that all EMMA data is imported but not accessible.
--it might improve things if the EMMA table is also a main table. Then
-the data could at least be retrieved if it is not links to GenDB/SAMS data.
-== 17/11/2006 ==
-GUI:
--man sollte, wie beim [[MartExplorer]], eine Voransicht der Anzahl der
-Ergebnisse bekommen. Wie sogar die gleiche Aufteilung: erst Filtern,
-dann die Auswahl der Rückgabewerte.
--das Attribute linkOutURL muss unterstützt werden.
-Engine:
--die Begrenzung auf 1000 Ergebnisse muss verschwinden (auch für die
-Auswahllisten)
--noch einmal die beiden Klassen Engine und [[AttributeQueryRunner]] überarbeiten. Ich weiss nicht so recht, ob es unbedingt zwei Klassen sein müssen. Außerdem ist die Rückgabe zu unflexibel. Entgebe ich gleich ein Resultset zurück oder aber schreibe ein Writer-Interface, welches beliebing implementiert werden kann ([[DefaultTableModelWriter]], CSV/TSVWriter, [[ExcelWriter]], [[DetailPaneWriter]], [[SelectionListWriter]], [[DistinctListWriter]], ...)
--die [[DistinctQuery]] muss noch eingebaut werden, der [[QueryCompiler]] von MartJ unterstützt es nicht.
-== 13/11/2006 ==
-GUI:
--sollte etwas schöner werden. Der sinnlose Klick auf "New Query" sollte
-verschwinden. Statt dessen sollte eine Auswahl des Marts eingebaut
-werden + Login und so weiter.
--man sollte, wie beim [[MartExplorer]], eine Voransicht der Anzahl der
-Ergebnisse bekommen. Wie sogar die gleiche Aufteilung: erst Filtern,
-dann die Auswahl der Rückgabewerte.
--die GUI sollte auf der [[FilterDescription]] Klasse aus MartJ basieren,
-dann kann man ehesten sicher sein, dass wir weiter kompatible mit MartJ
-bleiben. Außerdem nimmt Garvin beim Einlesen der Konfiguration einige
-Abkürzungen...
--das Attribute linkOutURL muss unterstützt werden. Und sollte auch in
-die cmart configuration eingebaut werden!
-Engine:
--die Begrenzung auf 1000 Ergebnisse muss verschwinden (auch für die
-Auswahllisten)
--eventuell auf die MartJ Engine umschalten, das sollte eigentlich sogar
-mit der Volltextsuche "LIKE" gehen
-Es gibt ein einfaches Beispiel, wie man die [[DataSet]] Konfiguration und den Query-Engine vom MartJ benutzt:
-org.ensembl.mart.example.[[SimpleLibraryUsageExample]]
-Das sollte genügend Informationen enthalten, um Garvins Echo2 Widgets auf die MartJ Konfiguration und Query-Engine umzustellen!
-== 02/11/2006 ==
-GUI:
--sollte etwas schöner werden. Der sinnlose Klick auf "New Query" sollte
-verschwinden. Statt dessen sollte eine Auswahl des Marts eingebaut
-werden + Login und so weiter.
--man sollte, wie beim [[MartExplorer]], eine Voransicht der Anzahl der
-Ergebnisse bekommen. Wie sogar die gleiche Aufteilung: erst Filtern,
-dann die Auswahl der Rückgabewerte.
--die GUI sollte auf der [[FilterDescription]] Klasse aus MartJ basieren,
-dann kann man ehesten sicher sein, dass wir weiter kompatible mit MartJ
-bleiben. Außerdem nimmt Garvin beim Einlesen der Konfiguration einige
-Abkürzungen...
--das Attribute linkOutURL muss unterstützt werden. Und sollte auch in die cmart configuration eingebaut werden!
-Engine:
--die Begrenzung auf 1000 Ergebnisse muss verschwinden (auch für die
-Auswahllisten)
--eventuell auf die MartJ Engine umschalten, das sollte eigentlich sogar
-mit der Volltextsuche "LIKE" gehen
-== 31/10/2006 ==
-GUI:
-* sollte etwas schöner werden. Der sinnlose Klick auf "New Query" sollte verschwinden. Statt dessen sollte eine Auswahl des Marts eingebaut werden + Login und so weiter.
-* man sollte, wie beim [[MartExplorer]], eine Voransicht der Anzahl der Ergebnisse bekommen. Wie sogar die gleiche Aufteilung: erst Filtern, dann die Auswahl der Rückgabewerte.
-* die GUI sollte auf der [[FilterDescription]] Klasse aus MartJ basieren, dann kann man ehesten sicher sein, dass wir weiter kompatible mit MartJ bleiben. Außerdem nimmt Garvin beim Einlesen der Konfiguration einige Abkürzungen...
-Engine:
-* die Begrenzung auf 1000 Ergebnisse muss verschwinden (auch für die Auswahllisten)
-* eventuell auf die MartJ Engine umschalten, das sollte eigentlich sogar mit der Volltextsuche "LIKE" gehen

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