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| == 28/11/2006 ==
| | This page was moved to the internal wiki: [http://www.cebitec.uni-bielefeld.de/groups/brf/internal/IGetDBWiki/ToDoHistory] |
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| GUI:
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| -das Attribute linkOutURL muss unterstützt werden.
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| Engine:
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| -noch einmal die beiden Klassen Engine und [[AttributeQueryRunner]]
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| überarbeiten. Ich weiss nicht so recht, ob es unbedingt zwei Klassen
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| sein müssen.
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| -bei den Implementationen der [[ResultSetWriter]] muss ich noch einmal die
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| Implementation der Funktionen flush() und close() überarbeiten, vor
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| allem bei dem Excel-Writer ist das nicht sauber gelöst.
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| -Es gibt ein Problem mit Joins: wenn z.B. eine EC-Nummer NULL ist, nicht gefilter, aber für den Export selektiert ist, wird diese Tabellenzeile exportiert. Damit das gleiche der Fall für GO-Nummer ist, muss ich tausende von NULL-Zeilen in der GO-Tabelle haben, ansonsten verschwindet diese Zeile. Es gibt ja verschiedene Join-Typen (INNER, OUTER-LEFT, etc.), jetzt gilt herauszufinden welcher Join-Typ der gewünschte ist.
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| -Vielleicht ist die [[BioMart]]-Engine doch nicht die beste Wahl. Schau Dir noch einmal [[BioWarehouse]] und Atlas an (beide haben eine Java-API).
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| Importers:
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| -BRIDGE-links are not sufficient as EMMA doesn't have an BRIDGE-links to
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| SAMS with the effect that all EMMA data is imported but not accessible.
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| -it might improve things if the EMMA table is also a main table. Then
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| the data could at least be retrieved if it is not links to GenDB/SAMS
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| data. Klappt nicht, die EMMA Tabelle müsste alle Spalten der GenDB
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| übernehmen. Frag Alu mal, wo ich das Skript finde, mit dem ich EMMA mit
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| GenDB/SAMS verlinken kann. Das Skript liegt in
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| bioinfo/BRIDGE/share/exec/link_emma2_gendb.pl
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| Dann muss man noch sicher gehen, dass EMMA auch versteht, dass u.U. die
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| Bridge-Links nach SAMS zeigen.
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| -der GenDB-Importer (wahrscheinlich auch der SAMS-Importer) erzeugen
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| haufenweise NULL-Zeilen in der GO-Tabelle. Das muss eigentlich nicht
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| sein. In der Haupttabelle sind manche EC-Werte NULL, manche ein leerer
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| String, muss auch nicht sein.
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| == 23/11/2006 ==
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| GUI:
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| -man sollte, wie beim [[MartExplorer]], eine Voransicht der Anzahl der
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| Ergebnisse bekommen. Wie sogar die gleiche Aufteilung: erst Filtern, dann
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| die Auswahl der Rückgabewerte.
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| -das Attribute linkOutURL muss unterstützt werden.
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| Engine:
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| -noch einmal die beiden Klassen Engine und [[AttributeQueryRunner]]
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| überarbeiten. Ich weiss nicht so recht, ob es unbedingt zwei Klassen sein
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| müssen.
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| Importers:
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| -BRIDGE-links are not sufficient as EMMA doesn't have an BRIDGE-links to
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| SAMS with the effect that all EMMA data is imported but not accessible.
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| -it might improve things if the EMMA table is also a main table. Then the
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| data could at least be retrieved if it is not links to GenDB/SAMS data.
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| Klappt nicht, die EMMA Tabelle müsste alle Spalten der GenDB übernehmen.
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| Frag Alu mal, wo ich das Skript finde, mit dem ich EMMA mit GenDB/SAMS
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| verlinken kann. Das Skript liegt in
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| bioinfo/BRIDGE/share/exec/link_emma2_gendb.pl
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| Dann muss man noch sicher gehen, dass EMMA auch versteht, dass u.U. die
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| Bridge-Links nach SAMS zeigen.
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| == 20/11/2006 ==
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| GUI:
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| -man sollte, wie beim [[MartExplorer]], eine Voransicht der Anzahl der
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| Ergebnisse bekommen. Wie sogar die gleiche Aufteilung: erst Filtern,
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| dann die Auswahl der Rückgabewerte.
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| -das Attribute linkOutURL muss unterstützt werden.
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| Engine:
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| -die Begrenzung auf 1000 Ergebnisse muss verschwinden (auch für die
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| Auswahllisten)
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| -noch einmal die beiden Klassen Engine und [[AttributeQueryRunner]]
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| überarbeiten. Ich weiss nicht so recht, ob es unbedingt zwei Klassen
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| sein müssen. Außerdem ist die Rückgabe zu unflexibel. Entgebe ich gleich
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| ein Resultset zurück oder aber schreibe ein Writer-Interface, welches
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| beliebing implementiert werden kann ([[DefaultTableModelWriter]],
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| CSV/TSVWriter, [[ExcelWriter]], [[DetailPaneWriter]], [[SelectionListWriter]],
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| [[DistinctListWriter]], ...)
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| -die [[DistinctQuery]] muss noch eingebaut werden, der [[QueryCompiler]] von
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| MartJ unterstützt es nicht.
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| Importers:
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| -BRIDGE-links are not sufficient as EMMA doesn't have an BRIDGE-links to
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| SAMS with the effect that all EMMA data is imported but not accessible.
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| -it might improve things if the EMMA table is also a main table. Then
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| the data could at least be retrieved if it is not links to GenDB/SAMS data.
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| == 17/11/2006 ==
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| GUI:
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| -man sollte, wie beim [[MartExplorer]], eine Voransicht der Anzahl der
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| Ergebnisse bekommen. Wie sogar die gleiche Aufteilung: erst Filtern,
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| dann die Auswahl der Rückgabewerte.
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| -das Attribute linkOutURL muss unterstützt werden.
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| Engine:
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| -die Begrenzung auf 1000 Ergebnisse muss verschwinden (auch für die
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| Auswahllisten)
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| -noch einmal die beiden Klassen Engine und [[AttributeQueryRunner]] überarbeiten. Ich weiss nicht so recht, ob es unbedingt zwei Klassen sein müssen. Außerdem ist die Rückgabe zu unflexibel. Entgebe ich gleich ein Resultset zurück oder aber schreibe ein Writer-Interface, welches beliebing implementiert werden kann ([[DefaultTableModelWriter]], CSV/TSVWriter, [[ExcelWriter]], [[DetailPaneWriter]], [[SelectionListWriter]], [[DistinctListWriter]], ...) | |
| -die [[DistinctQuery]] muss noch eingebaut werden, der [[QueryCompiler]] von MartJ unterstützt es nicht.
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| == 13/11/2006 ==
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| GUI:
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| -sollte etwas schöner werden. Der sinnlose Klick auf "New Query" sollte
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| verschwinden. Statt dessen sollte eine Auswahl des Marts eingebaut
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| werden + Login und so weiter.
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| -man sollte, wie beim [[MartExplorer]], eine Voransicht der Anzahl der
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| Ergebnisse bekommen. Wie sogar die gleiche Aufteilung: erst Filtern,
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| dann die Auswahl der Rückgabewerte.
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| -die GUI sollte auf der [[FilterDescription]] Klasse aus MartJ basieren,
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| dann kann man ehesten sicher sein, dass wir weiter kompatible mit MartJ
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| bleiben. Außerdem nimmt Garvin beim Einlesen der Konfiguration einige
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| Abkürzungen...
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| -das Attribute linkOutURL muss unterstützt werden. Und sollte auch in
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| die cmart configuration eingebaut werden!
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| Engine:
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| -die Begrenzung auf 1000 Ergebnisse muss verschwinden (auch für die
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| Auswahllisten)
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| -eventuell auf die MartJ Engine umschalten, das sollte eigentlich sogar
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| mit der Volltextsuche "LIKE" gehen
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| Es gibt ein einfaches Beispiel, wie man die [[DataSet]] Konfiguration und den Query-Engine vom MartJ benutzt:
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| org.ensembl.mart.example.[[SimpleLibraryUsageExample]]
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| Das sollte genügend Informationen enthalten, um Garvins Echo2 Widgets auf die MartJ Konfiguration und Query-Engine umzustellen!
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| == 02/11/2006 ==
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| GUI:
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| -sollte etwas schöner werden. Der sinnlose Klick auf "New Query" sollte
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| verschwinden. Statt dessen sollte eine Auswahl des Marts eingebaut
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| werden + Login und so weiter.
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| -man sollte, wie beim [[MartExplorer]], eine Voransicht der Anzahl der
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| Ergebnisse bekommen. Wie sogar die gleiche Aufteilung: erst Filtern,
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| dann die Auswahl der Rückgabewerte.
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| -die GUI sollte auf der [[FilterDescription]] Klasse aus MartJ basieren,
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| dann kann man ehesten sicher sein, dass wir weiter kompatible mit MartJ
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| bleiben. Außerdem nimmt Garvin beim Einlesen der Konfiguration einige
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| Abkürzungen...
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| -das Attribute linkOutURL muss unterstützt werden. Und sollte auch in die cmart configuration eingebaut werden!
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| Engine:
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| -die Begrenzung auf 1000 Ergebnisse muss verschwinden (auch für die
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| Auswahllisten)
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| -eventuell auf die MartJ Engine umschalten, das sollte eigentlich sogar
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| mit der Volltextsuche "LIKE" gehen
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| == 31/10/2006 ==
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| GUI:
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| * sollte etwas schöner werden. Der sinnlose Klick auf "New Query" sollte verschwinden. Statt dessen sollte eine Auswahl des Marts eingebaut werden + Login und so weiter.
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| * man sollte, wie beim [[MartExplorer]], eine Voransicht der Anzahl der Ergebnisse bekommen. Wie sogar die gleiche Aufteilung: erst Filtern, dann die Auswahl der Rückgabewerte.
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| * die GUI sollte auf der [[FilterDescription]] Klasse aus MartJ basieren, dann kann man ehesten sicher sein, dass wir weiter kompatible mit MartJ bleiben. Außerdem nimmt Garvin beim Einlesen der Konfiguration einige Abkürzungen...
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| Engine:
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| * die Begrenzung auf 1000 Ergebnisse muss verschwinden (auch für die Auswahllisten)
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| * eventuell auf die MartJ Engine umschalten, das sollte eigentlich sogar mit der Volltextsuche "LIKE" gehen
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