EMMAWiki/FuturePlans

I just wanted to sketch some things that should be done in the near future (in german only {de} )

ToDo Features (for 2.4)

• Debug new cluster viewer
• K-means und Neural gas
• Detailed channel information for arrays
• MAGE exporter
• Ontology
• Allow role User to upload array designs

Bereich		Feature	Entwickler	Prioritaet	geschaetzter Aufwand (*10 WS)	Entwicklungsstand (%)
1.	Array View	Search for Reporters in Overlay	Felix	{2}	2	70
2.	Analysis	Funktion zum auswaehlen von Annotations Features in Pipeline	???	{3}	2
3.	Analysis	Integrate Cyber-T	MD, Dominik?	{3}	3	0
4.	Analysis	ANOVA Tool (one-way, two way?)	MD, Thasso	{3}	3	10
5.	Backend	Put MAGE-Imp.Exp.from script to the webinterface	MD, Kai	{3}	3	50
6.	Analysis	Create Van-diagrams		:(	1	0
7.	Experiment	Experiment design templates		:(	2	0
8.	Cluster Viewer	Export the cluster overview charts as image (on the left)		:(	0.5	90
9.	BRIDGE	MT-SAMS/EMMA integration	All	{1}	2	95
11.	ArrayDesign	Update & delete of ArrayDesing in Web		{3}	5	0
12.	Analysis	Pipeline update,enable different DesignElementDimensions for each DataSet		{3}	4	0
13.	Interface gimmicks	Make lasso select in plots and use selection for further analysis		:(
14.	Data Browser	Save user filtered datasets	Felix	{3}
15.	Integration	Add Web-services layer for queries		{1}		80
Allways	Doku	Wiki doku vervollstaendigen	Alle	{2}		85

---

Old ToDos

-- MichaelDondrup DateTime(2006-02-23T17:31:29Z)

1.	Analysis	Normalization on Controls	MD, Thasso	{1}	4	100
2.	Backend	integrate ImageMagick	Felix	{1}	2	100
3.	Array View	More options for online generation of Overlay image (Brightness, Gamma)	Felix	{2}	2	100

1.	Backend	Update ArrayLayouts	Alu, MD	{1}	4	100
2.	ClusterViewer	Export	Thasso	{1}		100
3.	ClusterViewer	Graph plots	Thasso	{2}		100
4.	ClusterViewer	View partition clusters	Thasso	{2}		100
5.	BRIDGE	KEGG Pathway viewer	Alu	{1}		100
7.	Doku	ADF header doku anpassen	MD	{2}		100

Bereich		Feature	Entwickler	Prioritaet	geschaetzter Aufwand (*10 WS)	Entwicklungsstand (%)
1.	BRIDGE	Integration mit gendb smeliloti machen	Alu	{1}	2	100
3.	Experiment	Ein array sollte mehreren Faktor-Values zuzuordnen sein	Felix	{1}	2	100
4.	Experiment	Ein Experiment creation wizard	Felix, Thasso	{2}	2	100
5.	Visualization	Java-heatmap applet	Thasso	{1}	2	100

Bridge Integration

Hierzu gibt es ein script: CVS1/bioinfo/BRIDGE/share/exec/link_emma2_gendb.pl es ist im CVS

• man braucht einen zugang zu einem Gendb smeliloti project

Ein Widget zur auswahl von annotationseigenschaften sollte dem Benutzer die moeglichkeit geben, Annotations eigenschaften wie EC nummern, COG kategorien position im genom etc. auszuwaehlen die der analysefunktion als zusatzinfos mitgegeben werden.

• Koennnte zum beispiel einfach auf farben in plots gemapt werden.

Experiment

Das anlegen eines experiments mit faktoren und values ist noch zu kompliziert. Es sollte einen wizzard zum anlegen geben. Die seite wie sie jetzt ist kann man fuer erfahrene Benutzer und zum editieren belassen.

Basisfunktionalitaet

Bereich		Feature	Entwickler	Prioritaet	geschaetzter Aufwand (*10 WS)	Entwicklungsstand (%)	Abhaengigkeit (Punkt)
1.	Datenimport	Lims2EMMA2 import Imagene	Tim	{1}	5	100
2.	Experiment	Anlegen, Editieren	Felix	{1}	2	100
3.	Arrays	Ansicht der Bilder	Felix	{2}	2	100	1
4.	Plots	xy-scatterplots	Thasso, MD	{1}	2	100
5.	Plots	MA-plots	Thasso, MD	{1}	2	100	4,6
6.	Pipeline	Normalisieren	Alu, MD	{1}	1	100
7.	Pipeline	Normalisierungs vorschau	Alu, MD	{3}	2	100
8.	Pipeline	Signifikanztest	MD	{3}	2	100	6
9.	Zugriffskontrolle	Rollen und Rechte	TEAM, Lutz	{3}	6	100
10.	Datenansicht	Tabellensicht, beliebige Messdaten mit Sortieren und Export	Sebastian	{1}	3	100
11.	Repository	Suchen und Sortieren nach Experimenten, Arrays etc.	-	{3}	2	50