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* noch einmal die beiden Klassen Engine und [[AttributeQueryRunner]] überarbeiten. Ich weiss nicht so recht, ob es unbedingt zwei Klassen sein müssen. | |||
überarbeiten. Ich weiss nicht so recht, ob es unbedingt zwei Klassen | * bei den Implementationen der [[ResultSetWriter]] muss ich noch einmal die Implementation der Funktionen flush() und close() überarbeiten, vor allem bei dem Excel-Writer ist das nicht sauber gelöst. | ||
sein müssen. | * Es gibt ein Problem mit Joins: wenn z.B. eine EC-Nummer NULL ist, nicht gefilter, aber für den Export selektiert ist, wird diese Tabellenzeile exportiert. Damit das gleiche der Fall für GO-Nummer ist, muss ich tausende von NULL-Zeilen in der GO-Tabelle haben, ansonsten verschwindet diese Zeile. Es gibt ja verschiedene Join-Typen (INNER, OUTER-LEFT, etc.), jetzt gilt herauszufinden welcher Join-Typ der gewünschte ist. | ||
* Vielleicht ist die [[BioMart]]-Engine doch nicht die beste Wahl. Schau Dir noch einmal [[BioWarehouse]] und Atlas an (beide haben eine Java-API). | |||
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* BRIDGE-links are not sufficient as EMMA doesn't have an BRIDGE-links to SAMS with the effect that all EMMA data is imported but not accessible. | |||
SAMS with the effect that all EMMA data is imported but not accessible. | * it might improve things if the EMMA table is also a main table. Then the data could at least be retrieved if it is not links to GenDB/SAMS data. Klappt nicht, die EMMA Tabelle müsste alle Spalten der GenDB übernehmen. Frag Alu mal, wo ich das Skript finde, mit dem ich EMMA mit GenDB/SAMS verlinken kann. Das Skript liegt in /bioinfo/BRIDGE/share/exec/link_emma2_gendb.pl (Dann muss man noch sicher gehen, dass EMMA auch versteht, dass u.U. die Bridge-Links nach SAMS zeigen) | ||
* der GenDB-Importer (wahrscheinlich auch der SAMS-Importer) erzeugen haufenweise NULL-Zeilen in der GO-Tabelle. Das muss eigentlich nicht sein. In der Haupttabelle sind manche EC-Werte NULL, manche ein leerer String, muss auch nicht sein. | |||
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* die Begrenzung auf 1000 Ergebnisse muss verschwinden (auch für die | |||
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* noch einmal die beiden Klassen Engine und [[AttributeQueryRunner]] | |||
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MartJ unterstützt es nicht. | MartJ unterstützt es nicht. | ||
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* BRIDGE-links are not sufficient as EMMA doesn't have an BRIDGE-links to | |||
SAMS with the effect that all EMMA data is imported but not accessible. | SAMS with the effect that all EMMA data is imported but not accessible. | ||
* it might improve things if the EMMA table is also a main table. Then | |||
the data could at least be retrieved if it is not links to GenDB/SAMS data. | the data could at least be retrieved if it is not links to GenDB/SAMS data. | ||
== 17/11/2006 == | == 17/11/2006 == | ||
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Ergebnisse bekommen. Wie sogar die gleiche Aufteilung: erst Filtern, | Ergebnisse bekommen. Wie sogar die gleiche Aufteilung: erst Filtern, | ||
dann die Auswahl der Rückgabewerte. | dann die Auswahl der Rückgabewerte. | ||
* das Attribute linkOutURL muss unterstützt werden. | |||
Engine | === Engine === | ||
* die Begrenzung auf 1000 Ergebnisse muss verschwinden (auch für die | |||
Auswahllisten) | Auswahllisten) | ||
* noch einmal die beiden Klassen Engine und [[AttributeQueryRunner]] überarbeiten. Ich weiss nicht so recht, ob es unbedingt zwei Klassen sein müssen. Außerdem ist die Rückgabe zu unflexibel. Entgebe ich gleich ein Resultset zurück oder aber schreibe ein Writer-Interface, welches beliebing implementiert werden kann ([[DefaultTableModelWriter]], CSV/TSVWriter, [[ExcelWriter]], [[DetailPaneWriter]], [[SelectionListWriter]], [[DistinctListWriter]], ...) | |||
* die [[DistinctQuery]] muss noch eingebaut werden, der [[QueryCompiler]] von MartJ unterstützt es nicht. | |||
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* sollte etwas schöner werden. Der sinnlose Klick auf "New Query" sollte | |||
verschwinden. Statt dessen sollte eine Auswahl des Marts eingebaut | verschwinden. Statt dessen sollte eine Auswahl des Marts eingebaut | ||
werden + Login und so weiter. | werden + Login und so weiter. | ||
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Ergebnisse bekommen. Wie sogar die gleiche Aufteilung: erst Filtern, | Ergebnisse bekommen. Wie sogar die gleiche Aufteilung: erst Filtern, | ||
dann die Auswahl der Rückgabewerte. | dann die Auswahl der Rückgabewerte. | ||
* die GUI sollte auf der [[FilterDescription]] Klasse aus MartJ basieren, | |||
dann kann man ehesten sicher sein, dass wir weiter kompatible mit MartJ | dann kann man ehesten sicher sein, dass wir weiter kompatible mit MartJ | ||
bleiben. Außerdem nimmt Garvin beim Einlesen der Konfiguration einige | bleiben. Außerdem nimmt Garvin beim Einlesen der Konfiguration einige | ||
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* das Attribute linkOutURL muss unterstützt werden. Und sollte auch in | |||
die cmart configuration eingebaut werden! | die cmart configuration eingebaut werden! | ||
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* eventuell auf die MartJ Engine umschalten, das sollte eigentlich sogar | |||
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werden + Login und so weiter. | werden + Login und so weiter. | ||
* man sollte, wie beim [[MartExplorer]], eine Voransicht der Anzahl der | |||
Ergebnisse bekommen. Wie sogar die gleiche Aufteilung: erst Filtern, | Ergebnisse bekommen. Wie sogar die gleiche Aufteilung: erst Filtern, | ||
dann die Auswahl der Rückgabewerte. | dann die Auswahl der Rückgabewerte. | ||
* die GUI sollte auf der [[FilterDescription]] Klasse aus MartJ basieren, | |||
dann kann man ehesten sicher sein, dass wir weiter kompatible mit MartJ | dann kann man ehesten sicher sein, dass wir weiter kompatible mit MartJ | ||
bleiben. Außerdem nimmt Garvin beim Einlesen der Konfiguration einige | bleiben. Außerdem nimmt Garvin beim Einlesen der Konfiguration einige | ||
Abkürzungen... | Abkürzungen... | ||
* das Attribute linkOutURL muss unterstützt werden. Und sollte auch in die cmart configuration eingebaut werden! | |||
Engine | === Engine === | ||
* die Begrenzung auf 1000 Ergebnisse muss verschwinden (auch für die | |||
Auswahllisten) | Auswahllisten) | ||
* eventuell auf die MartJ Engine umschalten, das sollte eigentlich sogar | |||
mit der Volltextsuche "LIKE" gehen | mit der Volltextsuche "LIKE" gehen | ||
== 31/10/2006 == | == 31/10/2006 == | ||
GUI | === GUI === | ||
* sollte etwas schöner werden. Der sinnlose Klick auf "New Query" sollte verschwinden. Statt dessen sollte eine Auswahl des Marts eingebaut werden + Login und so weiter. | * sollte etwas schöner werden. Der sinnlose Klick auf "New Query" sollte verschwinden. Statt dessen sollte eine Auswahl des Marts eingebaut werden + Login und so weiter. | ||
* man sollte, wie beim [[MartExplorer]], eine Voransicht der Anzahl der Ergebnisse bekommen. Wie sogar die gleiche Aufteilung: erst Filtern, dann die Auswahl der Rückgabewerte. | * man sollte, wie beim [[MartExplorer]], eine Voransicht der Anzahl der Ergebnisse bekommen. Wie sogar die gleiche Aufteilung: erst Filtern, dann die Auswahl der Rückgabewerte. | ||
* die GUI sollte auf der [[FilterDescription]] Klasse aus MartJ basieren, dann kann man ehesten sicher sein, dass wir weiter kompatible mit MartJ bleiben. Außerdem nimmt Garvin beim Einlesen der Konfiguration einige Abkürzungen... | * die GUI sollte auf der [[FilterDescription]] Klasse aus MartJ basieren, dann kann man ehesten sicher sein, dass wir weiter kompatible mit MartJ bleiben. Außerdem nimmt Garvin beim Einlesen der Konfiguration einige Abkürzungen... | ||
Engine | === Engine === | ||
* die Begrenzung auf 1000 Ergebnisse muss verschwinden (auch für die Auswahllisten) | * die Begrenzung auf 1000 Ergebnisse muss verschwinden (auch für die Auswahllisten) | ||
* eventuell auf die MartJ Engine umschalten, das sollte eigentlich sogar mit der Volltextsuche "LIKE" gehen | * eventuell auf die MartJ Engine umschalten, das sollte eigentlich sogar mit der Volltextsuche "LIKE" gehen | ||
Revision as of 18:08, 28 November 2006
28/11/2006
GUI
- das Attribute linkOutURL muss unterstützt werden.
Engine
- noch einmal die beiden Klassen Engine und AttributeQueryRunner überarbeiten. Ich weiss nicht so recht, ob es unbedingt zwei Klassen sein müssen.
- bei den Implementationen der ResultSetWriter muss ich noch einmal die Implementation der Funktionen flush() und close() überarbeiten, vor allem bei dem Excel-Writer ist das nicht sauber gelöst.
- Es gibt ein Problem mit Joins: wenn z.B. eine EC-Nummer NULL ist, nicht gefilter, aber für den Export selektiert ist, wird diese Tabellenzeile exportiert. Damit das gleiche der Fall für GO-Nummer ist, muss ich tausende von NULL-Zeilen in der GO-Tabelle haben, ansonsten verschwindet diese Zeile. Es gibt ja verschiedene Join-Typen (INNER, OUTER-LEFT, etc.), jetzt gilt herauszufinden welcher Join-Typ der gewünschte ist.
- Vielleicht ist die BioMart-Engine doch nicht die beste Wahl. Schau Dir noch einmal BioWarehouse und Atlas an (beide haben eine Java-API).
Importers
- BRIDGE-links are not sufficient as EMMA doesn't have an BRIDGE-links to SAMS with the effect that all EMMA data is imported but not accessible.
- it might improve things if the EMMA table is also a main table. Then the data could at least be retrieved if it is not links to GenDB/SAMS data. Klappt nicht, die EMMA Tabelle müsste alle Spalten der GenDB übernehmen. Frag Alu mal, wo ich das Skript finde, mit dem ich EMMA mit GenDB/SAMS verlinken kann. Das Skript liegt in /bioinfo/BRIDGE/share/exec/link_emma2_gendb.pl (Dann muss man noch sicher gehen, dass EMMA auch versteht, dass u.U. die Bridge-Links nach SAMS zeigen)
- der GenDB-Importer (wahrscheinlich auch der SAMS-Importer) erzeugen haufenweise NULL-Zeilen in der GO-Tabelle. Das muss eigentlich nicht sein. In der Haupttabelle sind manche EC-Werte NULL, manche ein leerer String, muss auch nicht sein.
23/11/2006
GUI
- man sollte, wie beim MartExplorer, eine Voransicht der Anzahl der
Ergebnisse bekommen. Wie sogar die gleiche Aufteilung: erst Filtern, dann die Auswahl der Rückgabewerte.
- das Attribute linkOutURL muss unterstützt werden.
Engine
- noch einmal die beiden Klassen Engine und AttributeQueryRunner
überarbeiten. Ich weiss nicht so recht, ob es unbedingt zwei Klassen sein müssen.
Importers
- BRIDGE-links are not sufficient as EMMA doesn't have an BRIDGE-links to
SAMS with the effect that all EMMA data is imported but not accessible.
- it might improve things if the EMMA table is also a main table. Then the
data could at least be retrieved if it is not links to GenDB/SAMS data. Klappt nicht, die EMMA Tabelle müsste alle Spalten der GenDB übernehmen. Frag Alu mal, wo ich das Skript finde, mit dem ich EMMA mit GenDB/SAMS verlinken kann. Das Skript liegt in bioinfo/BRIDGE/share/exec/link_emma2_gendb.pl Dann muss man noch sicher gehen, dass EMMA auch versteht, dass u.U. die Bridge-Links nach SAMS zeigen.
20/11/2006
GUI
- man sollte, wie beim MartExplorer, eine Voransicht der Anzahl der
Ergebnisse bekommen. Wie sogar die gleiche Aufteilung: erst Filtern, dann die Auswahl der Rückgabewerte.
- das Attribute linkOutURL muss unterstützt werden.
Engine
- die Begrenzung auf 1000 Ergebnisse muss verschwinden (auch für die
Auswahllisten)
- noch einmal die beiden Klassen Engine und AttributeQueryRunner
überarbeiten. Ich weiss nicht so recht, ob es unbedingt zwei Klassen sein müssen. Außerdem ist die Rückgabe zu unflexibel. Entgebe ich gleich ein Resultset zurück oder aber schreibe ein Writer-Interface, welches beliebing implementiert werden kann (DefaultTableModelWriter, CSV/TSVWriter, ExcelWriter, DetailPaneWriter, SelectionListWriter, DistinctListWriter, ...)
- die DistinctQuery muss noch eingebaut werden, der QueryCompiler von
MartJ unterstützt es nicht.
Importers
- BRIDGE-links are not sufficient as EMMA doesn't have an BRIDGE-links to
SAMS with the effect that all EMMA data is imported but not accessible.
- it might improve things if the EMMA table is also a main table. Then
the data could at least be retrieved if it is not links to GenDB/SAMS data.
17/11/2006
GUI
- man sollte, wie beim MartExplorer, eine Voransicht der Anzahl der
Ergebnisse bekommen. Wie sogar die gleiche Aufteilung: erst Filtern, dann die Auswahl der Rückgabewerte.
- das Attribute linkOutURL muss unterstützt werden.
Engine
- die Begrenzung auf 1000 Ergebnisse muss verschwinden (auch für die
Auswahllisten)
- noch einmal die beiden Klassen Engine und AttributeQueryRunner überarbeiten. Ich weiss nicht so recht, ob es unbedingt zwei Klassen sein müssen. Außerdem ist die Rückgabe zu unflexibel. Entgebe ich gleich ein Resultset zurück oder aber schreibe ein Writer-Interface, welches beliebing implementiert werden kann (DefaultTableModelWriter, CSV/TSVWriter, ExcelWriter, DetailPaneWriter, SelectionListWriter, DistinctListWriter, ...)
- die DistinctQuery muss noch eingebaut werden, der QueryCompiler von MartJ unterstützt es nicht.
13/11/2006
GUI
- sollte etwas schöner werden. Der sinnlose Klick auf "New Query" sollte
verschwinden. Statt dessen sollte eine Auswahl des Marts eingebaut werden + Login und so weiter.
- man sollte, wie beim MartExplorer, eine Voransicht der Anzahl der
Ergebnisse bekommen. Wie sogar die gleiche Aufteilung: erst Filtern, dann die Auswahl der Rückgabewerte.
- die GUI sollte auf der FilterDescription Klasse aus MartJ basieren,
dann kann man ehesten sicher sein, dass wir weiter kompatible mit MartJ bleiben. Außerdem nimmt Garvin beim Einlesen der Konfiguration einige Abkürzungen...
- das Attribute linkOutURL muss unterstützt werden. Und sollte auch in
die cmart configuration eingebaut werden!
Engine
- die Begrenzung auf 1000 Ergebnisse muss verschwinden (auch für die
Auswahllisten)
- eventuell auf die MartJ Engine umschalten, das sollte eigentlich sogar
mit der Volltextsuche "LIKE" gehen
Es gibt ein einfaches Beispiel, wie man die DataSet Konfiguration und den Query-Engine vom MartJ benutzt: org.ensembl.mart.example.SimpleLibraryUsageExample Das sollte genügend Informationen enthalten, um Garvins Echo2 Widgets auf die MartJ Konfiguration und Query-Engine umzustellen!
02/11/2006
GUI
- sollte etwas schöner werden. Der sinnlose Klick auf "New Query" sollte
verschwinden. Statt dessen sollte eine Auswahl des Marts eingebaut werden + Login und so weiter.
- man sollte, wie beim MartExplorer, eine Voransicht der Anzahl der
Ergebnisse bekommen. Wie sogar die gleiche Aufteilung: erst Filtern, dann die Auswahl der Rückgabewerte.
- die GUI sollte auf der FilterDescription Klasse aus MartJ basieren,
dann kann man ehesten sicher sein, dass wir weiter kompatible mit MartJ bleiben. Außerdem nimmt Garvin beim Einlesen der Konfiguration einige Abkürzungen...
- das Attribute linkOutURL muss unterstützt werden. Und sollte auch in die cmart configuration eingebaut werden!
Engine
- die Begrenzung auf 1000 Ergebnisse muss verschwinden (auch für die
Auswahllisten)
- eventuell auf die MartJ Engine umschalten, das sollte eigentlich sogar
mit der Volltextsuche "LIKE" gehen
31/10/2006
GUI
- sollte etwas schöner werden. Der sinnlose Klick auf "New Query" sollte verschwinden. Statt dessen sollte eine Auswahl des Marts eingebaut werden + Login und so weiter.
- man sollte, wie beim MartExplorer, eine Voransicht der Anzahl der Ergebnisse bekommen. Wie sogar die gleiche Aufteilung: erst Filtern, dann die Auswahl der Rückgabewerte.
- die GUI sollte auf der FilterDescription Klasse aus MartJ basieren, dann kann man ehesten sicher sein, dass wir weiter kompatible mit MartJ bleiben. Außerdem nimmt Garvin beim Einlesen der Konfiguration einige Abkürzungen...
Engine
- die Begrenzung auf 1000 Ergebnisse muss verschwinden (auch für die Auswahllisten)
- eventuell auf die MartJ Engine umschalten, das sollte eigentlich sogar mit der Volltextsuche "LIKE" gehen