EMMAWiki/FuturePlans

I just wanted to sketch some things that should be done in the near future (in german only {de} )

ToDo Features

Im wesentlichen sollten wir uns auf wenige bereiche konzentrieren:

• Verbesserung der GenDB integration
• Verbesserung der Experiment anlegen und editier funktionalitaet
• Java-Heatmap
• Doku schreiben

Bereich		Feature	Entwickler	Prioritaet	geschaetzter Aufwand (*10 WS)	Entwicklungsstand (%)
1.	BRIDGE	Integration mit gendb smeliloti machen	Alu	{1}	2	100
2.	BRIDGE	Widget zum auswaehlen von Annotations Features	Alu	{1}	2	50
3.	Experiment	Ein array sollte mehreren Faktor-Values zuzuordnen sein	Felix	{1}	2	10
4.	Experiment	Ein Experiment creation wizard	Felix, Thasso	{2}	2	50
5.	Visualization	Java-heatmap applet	Thasso	{1}	2	90
6.	Doku	Wiki doku vervollstaendigen	Alle	{2}		70

Bridge Integration

Hierzu gibt es ein script: CVS1/bioinfo/BRIDGE/share/exec/link_emma2_gendb.pl es ist im CVS

• man braucht einen zugang zu einem Gendb smeliloti project

Ein Widget zur auswahl von annotationseigenschaften sollte dem Benutzer die moeglichkeit geben, Annotations eigenschaften wie EC nummern, COG kategorien position im genom etc. auszuwaehlen die der analysefunktion als zusatzinfos mitgegeben werden.

• Koennnte zum beispiel einfach auf farben in plots gemapt werden.

Experiment

Das anlegen eines experiments mit faktoren und values ist noch zu kompliziert. Es sollte einen wizzard zum anlegen geben. Die seite wie sie jetzt ist kann man fuer erfahrene Benutzer und zum editieren belassen.

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Old ToDos

Basisfunktionalitaet

Bereich		Feature	Entwickler	Prioritaet	geschaetzter Aufwand (*10 WS)	Entwicklungsstand (%)	Abhaengigkeit (Punkt)
1.	Datenimport	Lims2EMMA2 import Imagene	Tim	{1}	5	100
2.	Experiment	Anlegen, Editieren	Felix	{1}	2	100
3.	Arrays	Ansicht der Bilder	Felix	{2}	2	100	1
4.	Plots	xy-scatterplots	Thasso, MD	{1}	2	100
5.	Plots	MA-plots	Thasso, MD	{1}	2	100	4,6
6.	Pipeline	Normalisieren	Alu, MD	{1}	1	100
7.	Pipeline	Normalisierungs vorschau	Alu, MD	{3}	2	100
8.	Pipeline	Signifikanztest	MD	{3}	2	100	6
9.	Zugriffskontrolle	Rollen und Rechte	TEAM, Lutz	{3}	6	100
10.	Datenansicht	Tabellensicht, beliebige Messdaten mit Sortieren und Export	Sebastian	{1}	3	100
11.	Repository	Suchen und Sortieren nach Experimenten, Arrays etc.	-	{3}	2	50