IGetDBWiki/ToDoHistory: Difference between revisions
Jump to navigation
Jump to search
imported>KaiRunte No edit summary |
imported>KaiRunte No edit summary |
||
| Line 6: | Line 6: | ||
=== Engine === | === Engine === | ||
* noch einmal die beiden Klassen Engine und | * noch einmal die beiden Klassen Engine und AttributeQueryRunner überarbeiten. Ich weiss nicht so recht, ob es unbedingt zwei Klassen sein müssen. | ||
* bei den Implementationen der | * bei den Implementationen der ResultSetWriter muss ich noch einmal die Implementation der Funktionen flush() und close() überarbeiten, vor allem bei dem Excel-Writer ist das nicht sauber gelöst. | ||
* Es gibt ein Problem mit Joins: wenn z.B. eine EC-Nummer NULL ist, nicht gefilter, aber für den Export selektiert ist, wird diese Tabellenzeile exportiert. Damit das gleiche der Fall für GO-Nummer ist, muss ich tausende von NULL-Zeilen in der GO-Tabelle haben, ansonsten verschwindet diese Zeile. Es gibt ja verschiedene Join-Typen (INNER, OUTER-LEFT, etc.), jetzt gilt herauszufinden welcher Join-Typ der gewünschte ist. | * Es gibt ein Problem mit Joins: wenn z.B. eine EC-Nummer NULL ist, nicht gefilter, aber für den Export selektiert ist, wird diese Tabellenzeile exportiert. Damit das gleiche der Fall für GO-Nummer ist, muss ich tausende von NULL-Zeilen in der GO-Tabelle haben, ansonsten verschwindet diese Zeile. Es gibt ja verschiedene Join-Typen (INNER, OUTER-LEFT, etc.), jetzt gilt herauszufinden welcher Join-Typ der gewünschte ist. | ||
* Vielleicht ist die | * Vielleicht ist die BioMart-Engine doch nicht die beste Wahl. Schau Dir noch einmal BioWarehouse und Atlas an (beide haben eine Java-API). | ||
=== Importers === | === Importers === | ||
| Line 19: | Line 19: | ||
=== GUI === | === GUI === | ||
* man sollte, wie beim | * man sollte, wie beim MartExplorer, eine Voransicht der Anzahl der Ergebnisse bekommen. Wie sogar die gleiche Aufteilung: erst Filtern, dann die Auswahl der Rückgabewerte. | ||
Ergebnisse bekommen. Wie sogar die gleiche Aufteilung: erst Filtern, dann | |||
die Auswahl der Rückgabewerte. | |||
* das Attribute linkOutURL muss unterstützt werden. | * das Attribute linkOutURL muss unterstützt werden. | ||
=== Engine === | === Engine === | ||
* noch einmal die beiden Klassen Engine und | * noch einmal die beiden Klassen Engine und AttributeQueryRunner überarbeiten. Ich weiss nicht so recht, ob es unbedingt zwei Klassen sein müssen. | ||
überarbeiten. Ich weiss nicht so recht, ob es unbedingt zwei Klassen sein | |||
müssen. | |||
=== Importers === | === Importers === | ||
* BRIDGE-links are not sufficient as EMMA doesn't have an BRIDGE-links to | * BRIDGE-links are not sufficient as EMMA doesn't have an BRIDGE-links to SAMS with the effect that all EMMA data is imported but not accessible. | ||
SAMS with the effect that all EMMA data is imported but not accessible. | * it might improve things if the EMMA table is also a main table. Then the data could at least be retrieved if it is not links to GenDB/SAMS data. Klappt nicht, die EMMA Tabelle müsste alle Spalten der GenDB übernehmen. Frag Alu mal, wo ich das Skript finde, mit dem ich EMMA mit GenDB/SAMS verlinken kann. Das Skript liegt in /bioinfo/BRIDGE/share/exec/link_emma2_gendb.pl (Dann muss man noch sicher gehen, dass EMMA auch versteht, dass u.U. die Bridge-Links nach SAMS zeigen) | ||
* it might improve things if the EMMA table is also a main table. Then the | |||
data could at least be retrieved if it is not links to GenDB/SAMS | |||
Klappt nicht, die EMMA Tabelle müsste alle Spalten der GenDB | |||
Frag Alu mal, wo ich das Skript finde, mit dem ich EMMA mit GenDB/SAMS | |||
verlinken kann. Das Skript liegt in | |||
bioinfo/BRIDGE/share/exec/link_emma2_gendb.pl | |||
Dann muss man noch sicher gehen, dass EMMA auch versteht, dass u.U. die | |||
Bridge-Links nach SAMS zeigen | |||
== 20/11/2006 == | == 20/11/2006 == | ||
=== GUI === | === GUI === | ||
* man sollte, wie beim | * man sollte, wie beim MartExplorer, eine Voransicht der Anzahl der Ergebnisse bekommen. Wie sogar die gleiche Aufteilung: erst Filtern, dann die Auswahl der Rückgabewerte. | ||
Ergebnisse bekommen. Wie sogar die gleiche Aufteilung: erst Filtern, | |||
dann die Auswahl der Rückgabewerte. | |||
* das Attribute linkOutURL muss unterstützt werden. | * das Attribute linkOutURL muss unterstützt werden. | ||
=== Engine === | === Engine === | ||
* die Begrenzung auf 1000 Ergebnisse muss verschwinden (auch für die | * die Begrenzung auf 1000 Ergebnisse muss verschwinden (auch für die Auswahllisten) | ||
Auswahllisten) | * noch einmal die beiden Klassen Engine und AttributeQueryRunner überarbeiten. Ich weiss nicht so recht, ob es unbedingt zwei Klassen sein müssen. Außerdem ist die Rückgabe zu unflexibel. Entgebe ich gleich ein Resultset zurück oder aber schreibe ein Writer-Interface, welches beliebing implementiert werden kann (DefaultTableModelWriter, CSV/TSVWriter, ExcelWriter, DetailPaneWriter, SelectionListWriter, DistinctListWriter, ...) | ||
* noch einmal die beiden Klassen Engine und | * die DistinctQuery muss noch eingebaut werden, der QueryCompiler von MartJ unterstützt es nicht. | ||
überarbeiten. Ich weiss nicht so recht, ob es unbedingt zwei Klassen | |||
sein müssen. Außerdem ist die Rückgabe zu unflexibel. Entgebe ich gleich | |||
ein Resultset zurück oder aber schreibe ein Writer-Interface, welches | |||
beliebing implementiert werden kann ( | |||
CSV/TSVWriter, | |||
* die | |||
MartJ unterstützt es nicht. | |||
=== Importers === | === Importers === | ||
* BRIDGE-links are not sufficient as EMMA doesn't have an BRIDGE-links to | * BRIDGE-links are not sufficient as EMMA doesn't have an BRIDGE-links to SAMS with the effect that all EMMA data is imported but not accessible. | ||
SAMS with the effect that all EMMA data is imported but not accessible. | * it might improve things if the EMMA table is also a main table. Then the data could at least be retrieved if it is not links to GenDB/SAMS data. | ||
* it might improve things if the EMMA table is also a main table. Then | |||
the data could at least be retrieved if it is not links to GenDB/SAMS data. | |||
== 17/11/2006 == | == 17/11/2006 == | ||
=== GUI === | === GUI === | ||
* man sollte, wie beim | * man sollte, wie beim MartExplorer, eine Voransicht der Anzahl der Ergebnisse bekommen. Wie sogar die gleiche Aufteilung: erst Filtern, dann die Auswahl der Rückgabewerte. | ||
Ergebnisse bekommen. Wie sogar die gleiche Aufteilung: erst Filtern, | |||
dann die Auswahl der Rückgabewerte. | |||
* das Attribute linkOutURL muss unterstützt werden. | * das Attribute linkOutURL muss unterstützt werden. | ||
| Line 79: | Line 53: | ||
* die Begrenzung auf 1000 Ergebnisse muss verschwinden (auch für die | * die Begrenzung auf 1000 Ergebnisse muss verschwinden (auch für die | ||
Auswahllisten) | Auswahllisten) | ||
* noch einmal die beiden Klassen Engine und | * noch einmal die beiden Klassen Engine und AttributeQueryRunner überarbeiten. Ich weiss nicht so recht, ob es unbedingt zwei Klassen sein müssen. Außerdem ist die Rückgabe zu unflexibel. Entgebe ich gleich ein Resultset zurück oder aber schreibe ein Writer-Interface, welches beliebing implementiert werden kann (DefaultTableModelWriter, CSV/TSVWriter, ExcelWriter, DetailPaneWriter, SelectionListWriter, DistinctListWriter, ...) | ||
* die | * die DistinctQuery muss noch eingebaut werden, der QueryCompiler von MartJ unterstützt es nicht. | ||
== 13/11/2006 == | == 13/11/2006 == | ||
=== GUI === | === GUI === | ||
* sollte etwas schöner werden. Der sinnlose Klick auf "New Query" sollte | * sollte etwas schöner werden. Der sinnlose Klick auf "New Query" sollte verschwinden. Statt dessen sollte eine Auswahl des Marts eingebaut werden + Login und so weiter. | ||
verschwinden. Statt dessen sollte eine Auswahl des Marts eingebaut | * man sollte, wie beim MartExplorer, eine Voransicht der Anzahl der Ergebnisse bekommen. Wie sogar die gleiche Aufteilung: erst Filtern, dann die Auswahl der Rückgabewerte. | ||
werden + Login und so weiter. | * die GUI sollte auf der FilterDescription Klasse aus MartJ basieren, dann kann man ehesten sicher sein, dass wir weiter kompatible mit MartJ bleiben. Außerdem nimmt Garvin beim Einlesen der Konfiguration einige Abkürzungen... | ||
* man sollte, wie beim | * das Attribute linkOutURL muss unterstützt werden. Und sollte auch in die cmart configuration eingebaut werden! | ||
Ergebnisse bekommen. Wie sogar die gleiche Aufteilung: erst Filtern, | |||
dann die Auswahl der Rückgabewerte. | |||
* die GUI sollte auf der | |||
dann kann man ehesten sicher sein, dass wir weiter kompatible mit MartJ | |||
bleiben. Außerdem nimmt Garvin beim Einlesen der Konfiguration einige | |||
Abkürzungen... | |||
* das Attribute linkOutURL muss unterstützt werden. Und sollte auch in | |||
die cmart configuration eingebaut werden! | |||
=== Engine === | === Engine === | ||
* die Begrenzung auf 1000 Ergebnisse muss verschwinden (auch für die | * die Begrenzung auf 1000 Ergebnisse muss verschwinden (auch für die Auswahllisten) | ||
Auswahllisten) | * eventuell auf die MartJ Engine umschalten, das sollte eigentlich sogar mit der Volltextsuche "LIKE" gehen | ||
* eventuell auf die MartJ Engine umschalten, das sollte eigentlich sogar | |||
mit der Volltextsuche "LIKE" gehen | |||
Es gibt ein einfaches Beispiel, wie man die | Es gibt ein einfaches Beispiel, wie man die DataSet Konfiguration und den Query-Engine vom MartJ benutzt: | ||
org.ensembl.mart.example. | org.ensembl.mart.example.SimpleLibraryUsageExample | ||
Das sollte genügend Informationen enthalten, um Garvins Echo2 Widgets auf die MartJ Konfiguration und Query-Engine umzustellen! | Das sollte genügend Informationen enthalten, um Garvins Echo2 Widgets auf die MartJ Konfiguration und Query-Engine umzustellen! | ||
| Line 111: | Line 75: | ||
=== GUI === | === GUI === | ||
* sollte etwas schöner werden. Der sinnlose Klick auf "New Query" sollte | * sollte etwas schöner werden. Der sinnlose Klick auf "New Query" sollte verschwinden. Statt dessen sollte eine Auswahl des Marts eingebaut werden + Login und so weiter. | ||
verschwinden. Statt dessen sollte eine Auswahl des Marts eingebaut | * man sollte, wie beim MartExplorer, eine Voransicht der Anzahl der Ergebnisse bekommen. Wie sogar die gleiche Aufteilung: erst Filtern, dann die Auswahl der Rückgabewerte. | ||
werden + Login und so weiter. | * die GUI sollte auf der FilterDescription Klasse aus MartJ basieren, dann kann man ehesten sicher sein, dass wir weiter kompatible mit MartJ bleiben. Außerdem nimmt Garvin beim Einlesen der Konfiguration einige Abkürzungen... | ||
* man sollte, wie beim | |||
Ergebnisse bekommen. Wie sogar die gleiche Aufteilung: erst Filtern, | |||
dann die Auswahl der Rückgabewerte. | |||
* die GUI sollte auf der | |||
dann kann man ehesten sicher sein, dass wir weiter kompatible mit MartJ | |||
bleiben. Außerdem nimmt Garvin beim Einlesen der Konfiguration einige | |||
Abkürzungen... | |||
* das Attribute linkOutURL muss unterstützt werden. Und sollte auch in die cmart configuration eingebaut werden! | * das Attribute linkOutURL muss unterstützt werden. Und sollte auch in die cmart configuration eingebaut werden! | ||
=== Engine === | === Engine === | ||
* die Begrenzung auf 1000 Ergebnisse muss verschwinden (auch für die | * die Begrenzung auf 1000 Ergebnisse muss verschwinden (auch für die Auswahllisten) | ||
Auswahllisten) | * eventuell auf die MartJ Engine umschalten, das sollte eigentlich sogar mit der Volltextsuche "LIKE" gehen | ||
* eventuell auf die MartJ Engine umschalten, das sollte eigentlich sogar | |||
mit der Volltextsuche "LIKE" gehen | |||
== 31/10/2006 == | == 31/10/2006 == | ||
| Line 133: | Line 88: | ||
=== GUI === | === GUI === | ||
* sollte etwas schöner werden. Der sinnlose Klick auf "New Query" sollte verschwinden. Statt dessen sollte eine Auswahl des Marts eingebaut werden + Login und so weiter. | * sollte etwas schöner werden. Der sinnlose Klick auf "New Query" sollte verschwinden. Statt dessen sollte eine Auswahl des Marts eingebaut werden + Login und so weiter. | ||
* man sollte, wie beim | * man sollte, wie beim MartExplorer, eine Voransicht der Anzahl der Ergebnisse bekommen. Wie sogar die gleiche Aufteilung: erst Filtern, dann die Auswahl der Rückgabewerte. | ||
* die GUI sollte auf der | * die GUI sollte auf der FilterDescription Klasse aus MartJ basieren, dann kann man ehesten sicher sein, dass wir weiter kompatible mit MartJ bleiben. Außerdem nimmt Garvin beim Einlesen der Konfiguration einige Abkürzungen... | ||
=== Engine === | === Engine === | ||
* die Begrenzung auf 1000 Ergebnisse muss verschwinden (auch für die Auswahllisten) | * die Begrenzung auf 1000 Ergebnisse muss verschwinden (auch für die Auswahllisten) | ||
* eventuell auf die MartJ Engine umschalten, das sollte eigentlich sogar mit der Volltextsuche "LIKE" gehen | * eventuell auf die MartJ Engine umschalten, das sollte eigentlich sogar mit der Volltextsuche "LIKE" gehen | ||
Revision as of 08:55, 29 November 2006
28/11/2006
GUI
- das Attribute linkOutURL muss unterstützt werden.
Engine
- noch einmal die beiden Klassen Engine und AttributeQueryRunner überarbeiten. Ich weiss nicht so recht, ob es unbedingt zwei Klassen sein müssen.
- bei den Implementationen der ResultSetWriter muss ich noch einmal die Implementation der Funktionen flush() und close() überarbeiten, vor allem bei dem Excel-Writer ist das nicht sauber gelöst.
- Es gibt ein Problem mit Joins: wenn z.B. eine EC-Nummer NULL ist, nicht gefilter, aber für den Export selektiert ist, wird diese Tabellenzeile exportiert. Damit das gleiche der Fall für GO-Nummer ist, muss ich tausende von NULL-Zeilen in der GO-Tabelle haben, ansonsten verschwindet diese Zeile. Es gibt ja verschiedene Join-Typen (INNER, OUTER-LEFT, etc.), jetzt gilt herauszufinden welcher Join-Typ der gewünschte ist.
- Vielleicht ist die BioMart-Engine doch nicht die beste Wahl. Schau Dir noch einmal BioWarehouse und Atlas an (beide haben eine Java-API).
Importers
- BRIDGE-links are not sufficient as EMMA doesn't have an BRIDGE-links to SAMS with the effect that all EMMA data is imported but not accessible.
- it might improve things if the EMMA table is also a main table. Then the data could at least be retrieved if it is not links to GenDB/SAMS data. Klappt nicht, die EMMA Tabelle müsste alle Spalten der GenDB übernehmen. Frag Alu mal, wo ich das Skript finde, mit dem ich EMMA mit GenDB/SAMS verlinken kann. Das Skript liegt in /bioinfo/BRIDGE/share/exec/link_emma2_gendb.pl (Dann muss man noch sicher gehen, dass EMMA auch versteht, dass u.U. die Bridge-Links nach SAMS zeigen)
- der GenDB-Importer (wahrscheinlich auch der SAMS-Importer) erzeugen haufenweise NULL-Zeilen in der GO-Tabelle. Das muss eigentlich nicht sein. In der Haupttabelle sind manche EC-Werte NULL, manche ein leerer String, muss auch nicht sein.
23/11/2006
GUI
- man sollte, wie beim MartExplorer, eine Voransicht der Anzahl der Ergebnisse bekommen. Wie sogar die gleiche Aufteilung: erst Filtern, dann die Auswahl der Rückgabewerte.
- das Attribute linkOutURL muss unterstützt werden.
Engine
- noch einmal die beiden Klassen Engine und AttributeQueryRunner überarbeiten. Ich weiss nicht so recht, ob es unbedingt zwei Klassen sein müssen.
Importers
- BRIDGE-links are not sufficient as EMMA doesn't have an BRIDGE-links to SAMS with the effect that all EMMA data is imported but not accessible.
- it might improve things if the EMMA table is also a main table. Then the data could at least be retrieved if it is not links to GenDB/SAMS data. Klappt nicht, die EMMA Tabelle müsste alle Spalten der GenDB übernehmen. Frag Alu mal, wo ich das Skript finde, mit dem ich EMMA mit GenDB/SAMS verlinken kann. Das Skript liegt in /bioinfo/BRIDGE/share/exec/link_emma2_gendb.pl (Dann muss man noch sicher gehen, dass EMMA auch versteht, dass u.U. die Bridge-Links nach SAMS zeigen)
20/11/2006
GUI
- man sollte, wie beim MartExplorer, eine Voransicht der Anzahl der Ergebnisse bekommen. Wie sogar die gleiche Aufteilung: erst Filtern, dann die Auswahl der Rückgabewerte.
- das Attribute linkOutURL muss unterstützt werden.
Engine
- die Begrenzung auf 1000 Ergebnisse muss verschwinden (auch für die Auswahllisten)
- noch einmal die beiden Klassen Engine und AttributeQueryRunner überarbeiten. Ich weiss nicht so recht, ob es unbedingt zwei Klassen sein müssen. Außerdem ist die Rückgabe zu unflexibel. Entgebe ich gleich ein Resultset zurück oder aber schreibe ein Writer-Interface, welches beliebing implementiert werden kann (DefaultTableModelWriter, CSV/TSVWriter, ExcelWriter, DetailPaneWriter, SelectionListWriter, DistinctListWriter, ...)
- die DistinctQuery muss noch eingebaut werden, der QueryCompiler von MartJ unterstützt es nicht.
Importers
- BRIDGE-links are not sufficient as EMMA doesn't have an BRIDGE-links to SAMS with the effect that all EMMA data is imported but not accessible.
- it might improve things if the EMMA table is also a main table. Then the data could at least be retrieved if it is not links to GenDB/SAMS data.
17/11/2006
GUI
- man sollte, wie beim MartExplorer, eine Voransicht der Anzahl der Ergebnisse bekommen. Wie sogar die gleiche Aufteilung: erst Filtern, dann die Auswahl der Rückgabewerte.
- das Attribute linkOutURL muss unterstützt werden.
Engine
- die Begrenzung auf 1000 Ergebnisse muss verschwinden (auch für die
Auswahllisten)
- noch einmal die beiden Klassen Engine und AttributeQueryRunner überarbeiten. Ich weiss nicht so recht, ob es unbedingt zwei Klassen sein müssen. Außerdem ist die Rückgabe zu unflexibel. Entgebe ich gleich ein Resultset zurück oder aber schreibe ein Writer-Interface, welches beliebing implementiert werden kann (DefaultTableModelWriter, CSV/TSVWriter, ExcelWriter, DetailPaneWriter, SelectionListWriter, DistinctListWriter, ...)
- die DistinctQuery muss noch eingebaut werden, der QueryCompiler von MartJ unterstützt es nicht.
13/11/2006
GUI
- sollte etwas schöner werden. Der sinnlose Klick auf "New Query" sollte verschwinden. Statt dessen sollte eine Auswahl des Marts eingebaut werden + Login und so weiter.
- man sollte, wie beim MartExplorer, eine Voransicht der Anzahl der Ergebnisse bekommen. Wie sogar die gleiche Aufteilung: erst Filtern, dann die Auswahl der Rückgabewerte.
- die GUI sollte auf der FilterDescription Klasse aus MartJ basieren, dann kann man ehesten sicher sein, dass wir weiter kompatible mit MartJ bleiben. Außerdem nimmt Garvin beim Einlesen der Konfiguration einige Abkürzungen...
- das Attribute linkOutURL muss unterstützt werden. Und sollte auch in die cmart configuration eingebaut werden!
Engine
- die Begrenzung auf 1000 Ergebnisse muss verschwinden (auch für die Auswahllisten)
- eventuell auf die MartJ Engine umschalten, das sollte eigentlich sogar mit der Volltextsuche "LIKE" gehen
Es gibt ein einfaches Beispiel, wie man die DataSet Konfiguration und den Query-Engine vom MartJ benutzt: org.ensembl.mart.example.SimpleLibraryUsageExample Das sollte genügend Informationen enthalten, um Garvins Echo2 Widgets auf die MartJ Konfiguration und Query-Engine umzustellen!
02/11/2006
GUI
- sollte etwas schöner werden. Der sinnlose Klick auf "New Query" sollte verschwinden. Statt dessen sollte eine Auswahl des Marts eingebaut werden + Login und so weiter.
- man sollte, wie beim MartExplorer, eine Voransicht der Anzahl der Ergebnisse bekommen. Wie sogar die gleiche Aufteilung: erst Filtern, dann die Auswahl der Rückgabewerte.
- die GUI sollte auf der FilterDescription Klasse aus MartJ basieren, dann kann man ehesten sicher sein, dass wir weiter kompatible mit MartJ bleiben. Außerdem nimmt Garvin beim Einlesen der Konfiguration einige Abkürzungen...
- das Attribute linkOutURL muss unterstützt werden. Und sollte auch in die cmart configuration eingebaut werden!
Engine
- die Begrenzung auf 1000 Ergebnisse muss verschwinden (auch für die Auswahllisten)
- eventuell auf die MartJ Engine umschalten, das sollte eigentlich sogar mit der Volltextsuche "LIKE" gehen
31/10/2006
GUI
- sollte etwas schöner werden. Der sinnlose Klick auf "New Query" sollte verschwinden. Statt dessen sollte eine Auswahl des Marts eingebaut werden + Login und so weiter.
- man sollte, wie beim MartExplorer, eine Voransicht der Anzahl der Ergebnisse bekommen. Wie sogar die gleiche Aufteilung: erst Filtern, dann die Auswahl der Rückgabewerte.
- die GUI sollte auf der FilterDescription Klasse aus MartJ basieren, dann kann man ehesten sicher sein, dass wir weiter kompatible mit MartJ bleiben. Außerdem nimmt Garvin beim Einlesen der Konfiguration einige Abkürzungen...
Engine
- die Begrenzung auf 1000 Ergebnisse muss verschwinden (auch für die Auswahllisten)
- eventuell auf die MartJ Engine umschalten, das sollte eigentlich sogar mit der Volltextsuche "LIKE" gehen