EMMAWiki/FuturePlans
I just wanted to sketch some things that should be done in the near future (in german only {de} )
ToDo Features
Im wesentlichen sollten wir uns auf wenige bereiche konzentrieren:
- Verbesserung der GenDB integration
- Verbesserung der Experiment anlegen und editier funktionalitaet
- Java-Heatmap
- Doku schreiben
| Bereich | Feature | Entwickler | Prioritaet | geschaetzter Aufwand (*10 WS) | Entwicklungsstand (%) | |
| 1. | BRIDGE | Integration mit gendb smeliloti machen | Alu | {1} | 2 | 100 |
| 2. | BRIDGE | Widget zum auswaehlen von Annotations Features | Alu | {1} | 2 | 50 |
| 3. | Experiment | Ein array sollte mehreren Faktor-Values zuzuordnen sein | Felix | {1} | 2 | 10 |
| 4. | Experiment | Ein Experiment creation wizard | Felix, Thasso | {2} | 2 | 50 |
| 5. | Visualization | Java-heatmap applet | Thasso | {1} | 2 | 90 |
| 6. | Doku | Wiki doku vervollstaendigen | Alle | {2} | 70 | |
Bridge Integration
Hierzu gibt es ein script: CVS1/bioinfo/BRIDGE/share/exec/link_emma2_gendb.pl es ist im CVS
- man braucht einen zugang zu einem Gendb smeliloti project, frag mal AlexanderGoesmann
Ein Widget zur auswahl von annotationseigenschaften sollte dem Benutzer die moeglichkeit geben, Annotations eigenschaften wie EC nummern, COG kategorien position im genom etc. auszuwaehlen die der analysefunktion als zusatzinfos mitgegeben werden.
- Koennnte zum beispiel einfach auf farben in plots gemapt werden.
Experiment
das anlegen eines experiments mit faktoren und values ist noch zu kompliziert. Es sollte einen wizzard zum anlegen geben. Die seite wie sie jetzt ist kann man fuer erfahrene Benutzer und zum editieren belassen.
- Tobi hat ein wizzard creator modul geschrieben. Das solltet Ihr Euch mal anschauen.
Visualization
Einfach weiter so! Ansonsten einfach mal kuenstliche testdaten erzeugen. Die Newick generierung auf serverseite machen dann speater.
Old ToDos
Basisfunktionalitaet
| Bereich | Feature | Entwickler | Prioritaet | geschaetzter Aufwand (*10 WS) | Entwicklungsstand (%) | Abhaengigkeit (Punkt) | |
| 1. | Datenimport | Lims2EMMA2 import Imagene | Tim | {1} | 5 | 100 | |
| 2. | Experiment | Anlegen, Editieren | Felix | {1} | 2 | 100 | |
| 3. | Arrays | Ansicht der Bilder | Felix | {2} | 2 | 100 | 1 |
| 4. | Plots | xy-scatterplots | Thasso, MD | {1} | 2 | 100 | |
| 5. | Plots | MA-plots | Thasso, MD | {1} | 2 | 100 | 4,6 |
| 6. | Pipeline | Normalisieren | Alu, MD | {1} | 1 | 100 | |
| 7. | Pipeline | Normalisierungs vorschau | Alu, MD | {3} | 2 | 100 | |
| 8. | Pipeline | Signifikanztest | MD | {3} | 2 | 100 | 6 |
| 9. | Zugriffskontrolle | Rollen und Rechte | TEAM, Lutz | {3} | 6 | 100 | |
| 10. | Datenansicht | Tabellensicht, beliebige Messdaten mit Sortieren und Export | Sebastian | {1} | 3 | 100 | |
| 11. | Repository | Suchen und Sortieren nach Experimenten, Arrays etc. | - | {3} | 2 | 50 | |