EMMAWiki/FuturePlans

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I just wanted to sketch some things that should be done in the near future (in german only {de} )

ToDo Features

Bereich Feature Entwickler Prioritaet geschaetzter Aufwand (*10 WS) Entwicklungsstand (%)
1. Analysis Normalization on Controls MD, Thasso {1} 4 0
2. Backend integrate ImageMagick Felix {1} 2 75
3. Array View More options for online generation of Overlay image (Brightness, Gamma) Felix {2} 2 70
4. Array View Search for Reporters in Overlay Felix {2} 2 70
5. BRIDGE Widget zum auswaehlen von Annotations Features Alu {3} 2
6. Analysis Integrate SAM Test MD, Dominik? {3} 3 0
7. Analysis ANOVA Tool (one-way, two way?) MD, Thasso {3} 3 10
8. Backend Put MAGE-Imp.Exp.from script to the webinterface MD, Kai {3} 3 0
9. Analysis Create Van-diagrams {4} 1 0
10. Experiment Experiment design templates {4} 2 0
11. Cluster Viewer Export the cluster overview charts as image (on the left) Thasso B-) 0.5 0
Allways Doku Wiki doku vervollstaendigen Alle {2} 85

Old ToDos

1. Backend Update ArrayLayouts Alu, MD {1} 4 100
2. ClusterViewer Export Thasso {1} 100
3. ClusterViewer Graph plots Thasso {2} 100
4. ClusterViewer View partition clusters Thasso {2} 100
5. BRIDGE KEGG Pathway viewer Alu {1} 100
7. Doku ADF header doku anpassen MD {2} 100
Bereich Feature Entwickler Prioritaet geschaetzter Aufwand (*10 WS) Entwicklungsstand (%)
1. BRIDGE Integration mit gendb smeliloti machen Alu {1} 2 100
3. Experiment Ein array sollte mehreren Faktor-Values zuzuordnen sein Felix {1} 2 100
4. Experiment Ein Experiment creation wizard Felix, Thasso {2} 2 100
5. Visualization Java-heatmap applet Thasso {1} 2 100

Bridge Integration

Hierzu gibt es ein script: CVS1/bioinfo/BRIDGE/share/exec/link_emma2_gendb.pl es ist im CVS

  • man braucht einen zugang zu einem Gendb smeliloti project

Ein Widget zur auswahl von annotationseigenschaften sollte dem Benutzer die moeglichkeit geben, Annotations eigenschaften wie EC nummern, COG kategorien position im genom etc. auszuwaehlen die der analysefunktion als zusatzinfos mitgegeben werden.

  • Koennnte zum beispiel einfach auf farben in plots gemapt werden.

Experiment

Das anlegen eines experiments mit faktoren und values ist noch zu kompliziert. Es sollte einen wizzard zum anlegen geben. Die seite wie sie jetzt ist kann man fuer erfahrene Benutzer und zum editieren belassen.

Basisfunktionalitaet

Bereich Feature Entwickler Prioritaet geschaetzter Aufwand (*10 WS) Entwicklungsstand (%) Abhaengigkeit (Punkt)
1. Datenimport Lims2EMMA2 import Imagene Tim {1} 5 100
2. Experiment Anlegen, Editieren Felix {1} 2 100
3. Arrays Ansicht der Bilder Felix {2} 2 100 1
4. Plots xy-scatterplots Thasso, MD {1} 2 100
5. Plots MA-plots Thasso, MD {1} 2 100 4,6
6. Pipeline Normalisieren Alu, MD {1} 1 100
7. Pipeline Normalisierungs vorschau Alu, MD {3} 2 100
8. Pipeline Signifikanztest MD {3} 2 100 6
9. Zugriffskontrolle Rollen und Rechte TEAM, Lutz {3} 6 100
10. Datenansicht Tabellensicht, beliebige Messdaten mit Sortieren und Export Sebastian {1} 3 100
11. Repository Suchen und Sortieren nach Experimenten, Arrays etc. - {3} 2 50

Short Term