IGetDBWiki/ToDoHistory: Difference between revisions

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== 28/11/2006 ==
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=== GUI ===
* das Attribute linkOutURL muss unterstützt werden.
 
=== Engine ===
* noch einmal die beiden Klassen Engine und [[AttributeQueryRunner]] überarbeiten. Ich weiss nicht so recht, ob es unbedingt zwei Klassen sein müssen.
* bei den Implementationen der [[ResultSetWriter]] muss ich noch einmal die Implementation der Funktionen flush() und close() überarbeiten, vor allem bei dem Excel-Writer ist das nicht sauber gelöst.
* Es gibt ein Problem mit Joins: wenn z.B. eine EC-Nummer NULL ist, nicht gefilter, aber für den Export selektiert ist, wird diese Tabellenzeile exportiert. Damit das gleiche der Fall für GO-Nummer ist, muss ich tausende von NULL-Zeilen in der GO-Tabelle haben, ansonsten verschwindet diese Zeile. Es gibt ja verschiedene Join-Typen (INNER, OUTER-LEFT, etc.), jetzt gilt herauszufinden welcher Join-Typ der gewünschte ist.
* Vielleicht ist die [[BioMart]]-Engine doch nicht die beste Wahl. Schau Dir noch einmal [[BioWarehouse]] und Atlas an (beide haben eine Java-API).
 
=== Importers ===
* BRIDGE-links are not sufficient as EMMA doesn't have an BRIDGE-links to SAMS with the effect that all EMMA data is imported but not accessible.
* it might improve things if the EMMA table is also a main table. Then the data could at least be retrieved if it is not links to GenDB/SAMS data. Klappt nicht, die EMMA Tabelle müsste alle Spalten der GenDB übernehmen. Frag Alu mal, wo ich das Skript finde, mit dem ich EMMA mit GenDB/SAMS verlinken kann. Das Skript liegt in /bioinfo/BRIDGE/share/exec/link_emma2_gendb.pl (Dann muss man noch sicher gehen, dass EMMA auch versteht, dass u.U. die Bridge-Links nach SAMS zeigen)
* der GenDB-Importer (wahrscheinlich auch der SAMS-Importer) erzeugen haufenweise NULL-Zeilen in der GO-Tabelle. Das muss eigentlich nicht sein. In der Haupttabelle sind manche EC-Werte NULL, manche ein leerer String, muss auch nicht sein.
 
== 23/11/2006 ==
 
=== GUI ===
* man sollte, wie beim [[MartExplorer]], eine Voransicht der Anzahl der
Ergebnisse bekommen. Wie sogar die gleiche Aufteilung: erst Filtern, dann
die Auswahl der Rückgabewerte.
* das Attribute linkOutURL muss unterstützt werden.
 
=== Engine ===
* noch einmal die beiden Klassen Engine und [[AttributeQueryRunner]]
überarbeiten. Ich weiss nicht so recht, ob es unbedingt zwei Klassen sein
müssen.
 
=== Importers ===
* BRIDGE-links are not sufficient as EMMA doesn't have an BRIDGE-links to
SAMS with the effect that all EMMA data is imported but not accessible.
* it might improve things if the EMMA table is also a main table. Then the
data could at least be retrieved if it is not links to GenDB/SAMS  data.
Klappt nicht, die EMMA Tabelle müsste alle Spalten der GenDB  übernehmen.
Frag Alu mal, wo ich das Skript finde, mit dem ich EMMA mit GenDB/SAMS
verlinken kann. Das Skript liegt in
bioinfo/BRIDGE/share/exec/link_emma2_gendb.pl
Dann muss man noch sicher gehen, dass EMMA auch versteht, dass u.U. die
Bridge-Links nach SAMS zeigen.
 
== 20/11/2006 ==
 
=== GUI ===
* man sollte, wie beim [[MartExplorer]], eine Voransicht der Anzahl der
Ergebnisse bekommen. Wie sogar die gleiche Aufteilung: erst Filtern,
dann die Auswahl der Rückgabewerte.
* das Attribute linkOutURL muss unterstützt werden.
 
=== Engine ===
* die Begrenzung auf 1000 Ergebnisse muss verschwinden (auch für die
Auswahllisten)
* noch einmal die beiden Klassen Engine und [[AttributeQueryRunner]]
überarbeiten. Ich weiss nicht so recht, ob es unbedingt zwei Klassen
sein müssen. Außerdem ist die Rückgabe zu unflexibel. Entgebe ich gleich
ein Resultset zurück oder aber schreibe ein Writer-Interface, welches
beliebing implementiert werden kann ([[DefaultTableModelWriter]],
CSV/TSVWriter, [[ExcelWriter]], [[DetailPaneWriter]], [[SelectionListWriter]],
[[DistinctListWriter]], ...)
* die [[DistinctQuery]] muss noch eingebaut werden, der [[QueryCompiler]] von
MartJ unterstützt es nicht.
 
=== Importers ===
* BRIDGE-links are not sufficient as EMMA doesn't have an BRIDGE-links to
SAMS with the effect that all EMMA data is imported but not accessible.
* it might improve things if the EMMA table is also a main table. Then
the data could at least be retrieved if it is not links to GenDB/SAMS data.
 
== 17/11/2006 ==
 
=== GUI ===
* man sollte, wie beim [[MartExplorer]], eine Voransicht der Anzahl der
Ergebnisse bekommen. Wie sogar die gleiche Aufteilung: erst Filtern,
dann die Auswahl der Rückgabewerte.
* das Attribute linkOutURL muss unterstützt werden.
 
=== Engine ===
* die Begrenzung auf 1000 Ergebnisse muss verschwinden (auch für die
Auswahllisten)
* noch einmal die beiden Klassen Engine und [[AttributeQueryRunner]] überarbeiten. Ich weiss nicht so recht, ob es unbedingt zwei Klassen sein müssen. Außerdem ist die Rückgabe zu unflexibel. Entgebe ich gleich ein Resultset zurück oder aber schreibe ein Writer-Interface, welches beliebing implementiert werden kann ([[DefaultTableModelWriter]], CSV/TSVWriter, [[ExcelWriter]], [[DetailPaneWriter]], [[SelectionListWriter]], [[DistinctListWriter]], ...)
* die [[DistinctQuery]] muss noch eingebaut werden, der [[QueryCompiler]] von MartJ unterstützt es nicht.
 
== 13/11/2006 ==
 
=== GUI ===
* sollte etwas schöner werden. Der sinnlose Klick auf "New Query" sollte
verschwinden. Statt dessen sollte eine Auswahl des Marts eingebaut
werden + Login und so weiter.
* man sollte, wie beim [[MartExplorer]], eine Voransicht der Anzahl der
Ergebnisse bekommen. Wie sogar die gleiche Aufteilung: erst Filtern,
dann die Auswahl der Rückgabewerte.
* die GUI sollte auf der [[FilterDescription]] Klasse aus MartJ basieren,
dann kann man ehesten sicher sein, dass wir weiter kompatible mit MartJ
bleiben. Außerdem nimmt Garvin beim Einlesen der Konfiguration einige
Abkürzungen...
* das Attribute linkOutURL muss unterstützt werden. Und sollte auch in
die cmart configuration eingebaut werden!
 
=== Engine ===
* die Begrenzung auf 1000 Ergebnisse muss verschwinden (auch für die
Auswahllisten)
* eventuell auf die MartJ Engine umschalten, das sollte eigentlich sogar
mit der Volltextsuche "LIKE" gehen
 
Es gibt ein einfaches Beispiel, wie man die [[DataSet]] Konfiguration und den Query-Engine vom MartJ benutzt:
org.ensembl.mart.example.[[SimpleLibraryUsageExample]]
Das sollte genügend Informationen enthalten, um Garvins Echo2 Widgets auf die MartJ Konfiguration und Query-Engine umzustellen!
 
== 02/11/2006 ==
 
=== GUI ===
* sollte etwas schöner werden. Der sinnlose Klick auf "New Query" sollte
verschwinden. Statt dessen sollte eine Auswahl des Marts eingebaut
werden + Login und so weiter.
* man sollte, wie beim [[MartExplorer]], eine Voransicht der Anzahl der
Ergebnisse bekommen. Wie sogar die gleiche Aufteilung: erst Filtern,
dann die Auswahl der Rückgabewerte.
* die GUI sollte auf der [[FilterDescription]] Klasse aus MartJ basieren,
dann kann man ehesten sicher sein, dass wir weiter kompatible mit MartJ
bleiben. Außerdem nimmt Garvin beim Einlesen der Konfiguration einige
Abkürzungen...
* das Attribute linkOutURL muss unterstützt werden. Und sollte auch in die cmart configuration eingebaut werden!
 
=== Engine ===
* die Begrenzung auf 1000 Ergebnisse muss verschwinden (auch für die
Auswahllisten)
* eventuell auf die MartJ Engine umschalten, das sollte eigentlich sogar
mit der Volltextsuche "LIKE" gehen
 
== 31/10/2006 ==
 
=== GUI ===
* sollte etwas schöner werden. Der sinnlose Klick auf "New Query" sollte verschwinden. Statt dessen sollte eine Auswahl des Marts eingebaut werden + Login und so weiter.
* man sollte, wie beim [[MartExplorer]], eine Voransicht der Anzahl der Ergebnisse bekommen. Wie sogar die gleiche Aufteilung: erst Filtern, dann die Auswahl der Rückgabewerte.
* die GUI sollte auf der [[FilterDescription]] Klasse aus MartJ basieren, dann kann man ehesten sicher sein, dass wir weiter kompatible mit MartJ bleiben. Außerdem nimmt Garvin beim Einlesen der Konfiguration einige Abkürzungen...
 
=== Engine ===
* die Begrenzung auf 1000 Ergebnisse muss verschwinden (auch für die Auswahllisten)
* eventuell auf die MartJ Engine umschalten, das sollte eigentlich sogar mit der Volltextsuche "LIKE" gehen

Latest revision as of 08:17, 26 October 2011

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